Das sequências e estruturas às interacções funcionais

8 Março 2017, 15:00 • Margarida Henriques da Gama Carvalho

Relevância da determinação da rede de interacções proteicas e métodos experimentais associados: métodos genéticos (Yeast two-hybrid) e bioquímicos (co-purificação). Conjugação da espectrometria de massa com  as bases de dados de sequências para a identificação sistemática de proteínas: peptide mass fingerprinting e ferramenta Peptide Mass. Intact: base de dados de interacções de proteínas. Pesquisa e exploração gráfica de resultados. Limitações associadas aos algoritmos de expansão de dados de interacção. Genómica funcional e perfis comparativos de proteoma e transcritoma: métodos experimentais e bases de dados. PRIDE: repositório de dados de proteómica e suas ferramentas de pesquisa. Array Express e Expression Atlas – bases de dados de transcritómica centradas na experiência ou no gene. Necessidade de regras de normalização das anotações de dados experimentais: exemplo do protocolo MIAME. Integração da informação em vias (Pathways) – Reactome.