Plano de Estudos
Métodos Estatísticos em Bioinformática MEBio
Contextos
Groupo: 2_MBBC 2023/24 > 2º Ciclo > Parte Escolar > Opcionais > 2º Semestre > 633_MBBC - Opcionais Livres (CEI/CVIDA/CMAT)
ECTS
3.0 (para cálculo da média)
Objectivos
Os métodos Bioinformáticos são frequentemente baseados em modelos estatísticos, quer nas estratégias inerentes à resolução de problemas, quer na forma como a inferência é usada para encontrar evidência e quantificar a confiança. Recorrendo aos conhecimentos adquiridos anteriormente na disciplina "Bioestatística para Bioinformática", esta unidade curricular (uc) procura ilustrar de que forma estes métodos Bioinformáticos são desenvolvidos e em que contexto podem e deve ser usados. A componente prática da uc tem por base o ambiente R.
Programa
1 - Conceitos Estatísticos de Relevo para a Bioinfomática: Algoritmo EM. Cadeias de Markov, cadeias de Markov escondidas, MCMC e amostragem de Gibbs. Problema dos testes múltiplos: valor-p, FWER, FDR. 2 - Análise de grandes conjuntos de dados: Redução da dimensionalidade dos dados. Métodos de classificação supervisionada e não supervisionada. Metodologias estatísticas para análise de dados de ómicas - teste de permutação, métodos bayesianos, métodos baseados em modelos lineares, métodos não-paramétricos baseados em ordens, métodos baseados em contagens.
Método de Avaliação
A avaliação consiste na realização de um Trabalho Individual: o trabalho será realizado em R e pretende-se que os alunos explorem alguns packages do Bioconductor, compreendam a metodologia estatística utilizada e apliquem a dados reais.
Carga Horária
Carga Horária de Contacto -
Trabalho Autónomo - 56.0
Carga Total -
Bibliografia
Principal
- Handbook of Statistical Genetics: Balding, D.J., Bishop, M., Cannings, C., Eds 2007 John Wiley & Sons
- Biological Sequence Analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. : Durbin, R., Eddy, S.R., Krogh, A., Mitchison, G. 1998 Cambridge University Press.
- Statistical Methods in Bioinformatics: An Introduction. : Ewens, W.J., Grant, G.R. 2001 Springer.
- Resampling Methods. : Good, P.I. 2006 3rd edition. Birkhauser.
- Handbook of Statistical Bioinformatics. : Lu, H.H.-S., Schölkopf, B., Zhao, H., Eds. 2011 Springer.
- The Fundamentals of Modern Statistical Genetics.: Laird, N.M., Lange, C. 2011 Springer
- Mathematical and Statistical Methods for Genetic Analysis. : Lange, K. 2002 2nd ed. Springer.
- Analyzing Microarray Gene Expression Data. : McLachaln, G.J., Do, K.A., Ambroise, C. 2004 John Wiley & Sons.
- Estatística Bayesiana. : Paulino, D., Amaral Turkman, M.A., Murteira, B. 2003 Fundação Calouste Gulbenkian.
- Microarray Bioinformatics.: Stekel, D. 2003 Cambridge University Press.