Disciplina Curricular
Introdução à Bioinformática e Biologia Computacional IBBC
Mestrado Bolonha em Bioinformática e Biologia Computacional - 2_MBBC 2023/24
Contextos
Grupo: 2_MBBC 2023/24 > 2º Ciclo > Parte Escolar > Opcionais > 1º Semestre > 632_MBBC - Nucleares (CEI/CVIDA/CMAT)
Período:
Peso
3.0 (para cálculo da média)
Objectivos
Aquisição de conhecimentos específicos e operacionais na área de Bioinformática e Biologia Computacional, concretamente a capacidade de autonomamente analisar, por vários métodos, e interpretar, resultados de análises obtidas por recurso a ferramentas bioinfomáticas, nomeadamente Linux e R. Compreensão dos processos automatização e reprodutibilidade das análises. Pretende-se estimular a curiosidade dos alunos em relação à utilização de ferramentas avançadas de análise bioinformática e promover a sua capacidade de formulação de questões e a aprendizagem de técnicas de apresentação e divulgação de resultados. Pretende-se ainda fornecer bases teóricas e práticas que permitam ao aluno vir a exercer uma atividade no âmbito da investigação científica ou técnica. Procurando-se dar competências abrangentes relacionadas com a capacidade de crítica, análise e discussão de ideias numa área em permanente evolução, cultivando o espírito científico.
Programa
Introdução à Bioinformática e Biologia Computacional. As principais ferramentas bionformáticas de análise, nomeadamente o Unix/Linux, R e linguagens de programação usadas em Bioinformática Python e Julia. Outras ferramentas de utilização frequente em bioinformática. Tipos de ficheiros usados em bioinfomática e principais bases de dados utilizados no contexto bioinformático. Os repositórios bioinformáticos, o GitHub. O trabalho com máquina remotas, scripts em shell, escrita de pipelines e paralelização. Introdução ao R, manipulação e visualização de dados em R. Desenvolvimento de workflows e scripts em R.
Métodos de ensino e avaliação
As aulas teóricas são essencialmente informativas, com recurso a datashow e introduzem o racional de cada assunto abordada na prática. Nas aulas teórico-práticas é administrado um ensino em salas dotadas de computadores, em que os alunos aprendem a resolver exercícios, analisar e interpretar dados bioinformáticos. A introdução ao R será com recurso a exercícios obtidos da prática da investigação e resolvidos com recursos computadores correspondendo à principal componente letiva. Um exame sobre a matéria teórico-prática consiste num exame individual realizado em computador e semelhante aos exercícios das aulas teórico-práticas, constituindo 100% da nota final.