Disciplina Curricular
Métodos Estatísticos em Bioinformática MEBio
Mestrado Bolonha em Bioinformática e Biologia Computacional - 1_MBBC 2017/18
Contextos
Grupo: 1_MBBC 2017/18 > 2º Ciclo > Parte Escolar > Opcionais > 978 - 1º Ano/2º Sem do Mestrado em BBC
Período:
Peso
3.0 (para cálculo da média)
Objectivos
Os métodos Bioinformáticos são frequentemente baseados em modelos estatísticos, quer nas estratégias inerentes à resolução de problemas, quer na forma como a inferência é usada para encontrar evidência e quantificar a confiança. Recorrendo aos conhecimentos adquiridos anteriormente na disciplina "Bioestatística para Bioinformática", esta unidade curricular (uc) procura ilustrar de que forma estes métodos Bioinformáticos são desenvolvidos e em que contexto podem e deve ser usados. A componente prática da uc tem por base o ambiente R.
Programa
1. Análise de Dados Genéticos: Distribuições genotípica e fenotípica (cruzamentos controlados). Equilíbrio de Hardy-Weinberg. Equilíbrio de ligação; Estimação das frequências alélicas: método da máxima verosimilhança, algoritmo EM. 2. Análise de grandes conjuntos de dados: Microarrays e Next Generation Sequencing (NGS): R e Bioconductor. O problema dos testes múltiplos: valor-p, FWER, FDR. Testes de permutação. Cadeias de Markov escondidas, MCMC e amostragem de Gibbs. Métodos não paramétricos. Análise em componentes principais.
Métodos de ensino e avaliação
Aulas teóricas com recurso a slides. Na aula os alunos devem demonstrar alguns resultados apresentados nos slides. Aulas práticas realizadas em laboratório de computadores. Exercícios práticos recorrendo ao software R. A avaliação consiste na realização de um Trabalho de grupo individual obrigatório.