Disciplina Curricular
Modelos e Métodos Computacionais em Biologia MMCB
Mestrado Bolonha em Bioinformática e Biologia Computacional - 1_MBBC 2017/18
Peso
6.0 (para cálculo da média)
Objectivos
No final desta disciplina, os alunos devem ser capazes de: - Utilizar ferramentas e pacotes (Bio)Python e explicar a sintaxe dos comandos Python; - Analisar sequências biológicas disponíveis em diversos formatos; - Programar pequenos scripts para conversão entre diversos formatos e apresentação sistematizada de dados; - Propor um método de análise de sequências biológicas para responder a um problema ou hipótese biológica; - Construir formas de visualização de conjuntos complexos de dados biológicos; - Executar programas de análise e modelação de sistemas biológicos.
Programa
A linguagem Python é predominantemente utilizada para análise de dados biológicos, bem como o recurso à linha de comandos para executar outros programas adicionais para a análise de dados. Os principais tópicos abordados incluem: 1. Introdução ao Python para bioinformática e biologia utilizando grandes conjuntos de dados 2. Manipulação avançada de dados com Pandas 3. Alinhamento de sequências, trimming e clean-up 4. Análise de objetos filogenéticos, poda e visualização de árvores 5. Bioinformática estrutural, análise e visualização de ficheiros PDB 6. Formatos de ficheiros comuns utilizados na análise de dados genómicos 7. Network biology e biologia de sistemas 8. Modelação computacional e análise de variação genética 9. Visualização de dados e elaboração de relatórios 10. Introdução à aprendizagem automática para conjuntos de dados biológicos
Métodos de ensino e avaliação
Dois testes ou exame final (50%); pequenos trabalhos individuais (50%). A nota mínima nos testes ou exame é de 8/20. Para aprovação, a média deve ser igual ou superior a 9,5/20.