O ciclo de estudos conducente ao grau de mestre em Ciências do Mar, fornece uma perspetiva integrada e transversal da área das Ciências do Mar nas suas diferentes vertentes essenciais: Ciências da Vida, Ciências da Terra, Ciências Quimicas. 

Este ciclo de estudos visa a aquisição de conhecimentos teóricos e práticos, incluindo participação em cruzeiros oceanográficos, trabalho de campo e de laboratório. Existe um protocolo de colaboração entre a FCUL e  IH (Instituto Hidrográfico), e  IPMA (Instituto Português do Mar e da Atmosfera), com redução de propinas para técnicos destes dois institutos e com unidades curriculares leccionadas por investigadores do IPMA; a realização de dissertações de mestrado nestes dois organismos do Estado é fomentada.  A participação de diversos investigadores/técnicos do IPMA, IH, Air Centre e For-MAR em seminários, visa promover o interesse dos alunos pelas questões atuais das ciencias do mar, assim como a realização de dissertações de mestrado adaptadas às necessidades do país. 

O objetivo é formar profissionais, cientistas e técnicos, com um perfil abrangente, com competências específicas e elevado grau de proficiência e autonomia, capazes de integrar harmoniosamente equipas multidisciplinares. O 2.º Ciclo em Ciências do Mar constitui ainda um veículo promocional de 3.os ciclos em Ciências do Mar, área de Doutoramento da FCUL.