Plano de Estudos

Simulação Bioquímica SB

Contextos

ECTS

3.0 (para cálculo da média)

Objectivos

Nesta disciplina pretende-se que os estudantes desenvolvam conhecimentos fundamentais nas áreas de Bioquímica Estrutural e Biologia de Sistemas, com ênfase especial nos aspectos de modelação e simulação de base computacional da estrutura de biomoléculas e da dinâmica de redes e vias celulares.

Programa

I - Biologia de Sistemas Computacional: 1) Introdução à simulação em Bioquímica. 2) Metodologias de construção de modelos. 3) Análise numérica de modelos baseados em ODEs. II - Visualização e modelação de estrutura de biomoléculas: 1) Visualização tridimensional da estrutura de proteínas. 2) Modelação estrutural de proteínas. III - Modelação de interacções proteína-ligando: 1) Preparação de bases de dados de ligandos. 2) Docking molecular e scoring functions. 3) High-Throughput Virtual Screening (HTVS). IV - Dinâmica Molecular: 1) Princípios da mecânica molecular e do uso de campos de forças. 2) Simulações de dinâmica molecular de proteínas e ligandos. 3) Estudo do espaço conformacional em sistemas fármaco/ proteína alvo e o seu impacto em várias aplicações terapêuticas.

Método de Avaliação

Três relatórios escritos sobre os projecto computacionais executados nos blocos de aulas (Bloco I, Blocos II+III e Bloco IV). Nota mínima em cada um dos relatórios: 9,5.

Carga Horária

Bibliografia

Principal

• In silico end-to-end protein–ligand interaction characterization pipeline: the case of SARS-CoV-2. : Rosário-Ferreira, N., Baptista, S.J., Barreto, C.A., Rodrigues, F.E., Silva, T.F., Ferreira, S.G., Vitorino, J.N., Melo, R., Victor, B.L., Machuqueiro, M. and Moreira, I.S. 2021 ACS Synthetic Biology, 10(11), pp.3209-3235
• Computational Analysis of Biochemical Systems: Voit, E. O. 2000 Cambridge Univ. Press.

Secundária

Disciplinas de Execução

2026/2027 - 2 Semestre