Bases de dados e ferramentas de pesquisa II (pesquisa por alinhamento de sequências)

28 Fevereiro 2019, 17:00 • Margarida Henriques da Gama Carvalho

Caso de estudo: utilização de abordagens bioinformáticas simples para caracterização de uma variante genética de relevância clínica. Métodos de obtenção de dados biológicos: sequenciação de péptidos por degradação de Edman, PCR e sequenciação de Sanger para ácidos nucleicos. Pesquisa de sequências semelhantes em bases de dados usando algoritmos de alinhamento: estratégias e quantificação de graus de semelhança. Utilização do NCBI-BLAST: tipos de pesquisa, formulários de submissão, parâmetros ajustáveis e interpretação de resultados. Algoritmo tblastn: pesquisa de uma sequência proteica numa base de dados de núcleotidos traduzida. Quantificação de semelhança num alinhamento de proteínas com recurso a matrizes de substituição. Raw score, Bit Score e E-value. Informações acessíveis a partir de um resultado Blast – RefSeqGene, GeneID, sequências de transcritos em formato GenBank flat e FASTA.