Bases de dados e ferramentas de pesquisa I

28 Fevereiro 2018, 15:00 • Margarida Henriques da Gama Carvalho

Origem da informação disponível nas bases de dados. Necessidade de anotações e ferramentas para gerar conhecimento a partir da informação. Formas e tipos de anotação. Anotação automática de ORFs (Open Reading Frames); proteínas hipotéticas. Tipos de ferramentas. A diferença entre base de dados, interface e algoritmos de pesquisa/análise. Necessidade de formatos de dados standardizados (FASTA, flat). Organização das bases de dados – o modelo DAS. Principais repositórios de informação biológica – NCBI, EMBL/EBI e DDBJ (International Nucleotide Sequence Database Collaboration). Outras instituições/repositórios de referência – UCSC Genome Browser; Sanger Center UK/Vega Genome Browser; Flybase; Swiss Institute of Bioinformatics/Expasy. Navegando no NCBI GenBank. Organização dos dados, interfaces – MapViewer, Genome Data Viewer.