Das sequências e estruturas às interacções funcionais

14 Março 2018, 15:00 • Margarida Henriques da Gama Carvalho

Identificação de domínios estruturais e funcionais das proteínas: relevância prática. Protein Data Bank: base de dados de estruturas proteicas. Métodos experimentais de obtenção de modelos estruturais (NMR e cristalografia de Raio-X) e limitação atual dos algoritmos de previsão teórica. Diferentes modelos de representação estrutural e sobreposição de códigos de cores. Pesquisa e visualização interativa de estruturas de proteínas e interação com ligandos no PDB. Integração de diferentes níveis de informação estrutural pelo NCBI. Jogos de computador comunitários como auxiliares da modelação de estruturas de macromoléculas – exemplo do foldit.

Bases de dados de interações proteicas e métodos experimentais associados: métodos genéticos (Yeast two-hybrid) e bioquímicos (co-purificação). Conjugação da espectrometria de massa com  as bases de dados de sequências para a identificação sistemática de proteínas: peptide mass fingerprinting e ferramenta Peptide Mass. Intact: base de dados de interações de proteínas. Pesquisa e exploração gráfica de resultados. Limitações associadas aos algoritmos de expansão de dados de interação.