Exploração de recursos online relacionados com proteínas e interações proteicas proteicas

18 Março 2022, 15:00 • Margarida Henriques da Gama Carvalho

Trabalho de grupo para resposta às questões definidas na aula 1. A proteína Spike. 

Conhecer um conjunto de ferramentas e bases de dados que permitem fazer previsões sobre estrutura e função de proteínas (Uniprot e Prosite; Translate, ProtParam, PSort, Scan Prosite e Clustal W)

Compreender as ferramentas de tradução de ácidos nucleicos, identificando os diferentes quadros de leitura e o “Open Reading Frame” (ORF) principal

Conhecer a base de dados Uniprot, as anotações que contém e ferramentas de pesquisa incorporadas, descarregar ficheiros multi-fasta e utilizar e interpretar o resultado de algoritmos de alinhamento múltiplo

Compreender o conceito de dendrograma baseado em semelhanças de sequências e a sua relação com os processos de evolução biológica

Apresentação e discussão do trabalho efetuado.

Da expressão génica à anotação funcional

17 Março 2022, 17:00 • Margarida Henriques da Gama Carvalho

Genómica funcional e perfis comparativos de proteoma e transcritoma: métodos experimentais e bases de dados. PRIDE: repositório de dados de proteómica e suas ferramentas de pesquisa. Array Express e Expression Atlas – bases de dados de transcritómica centradas na experiência ou no gene. Necessidade de regras de normalização das anotações de dados experimentais: exemplo do protocolo MIAME. Integração da informação em vias (Pathways) – Reactome. 

O Gene Ontology Project: origens e objectivos. Definição de ontologia. Gene Ontology – características, hierarquização de termos, relações entre termos e códigos de evidência. Aplicação da Gene Ontology na comparação e previsão funcional: abordagem geral e aplicação concreta.

Exploração de recursos online relacionados com proteínas e interações proteicas proteicas

17 Março 2022, 15:00 • Margarida Henriques da Gama Carvalho

Trabalho de grupo para resposta às questões definidas na aula 1. A proteína Spike. 

Conhecer um conjunto de ferramentas e bases de dados que permitem fazer previsões sobre estrutura e função de proteínas (Uniprot e Prosite; Translate, ProtParam, PSort, Scan Prosite e Clustal W)

Compreender as ferramentas de tradução de ácidos nucleicos, identificando os diferentes quadros de leitura e o “Open Reading Frame” (ORF) principal

Conhecer a base de dados Uniprot, as anotações que contém e ferramentas de pesquisa incorporadas, descarregar ficheiros multi-fasta e utilizar e interpretar o resultado de algoritmos de alinhamento múltiplo

Compreender o conceito de dendrograma baseado em semelhanças de sequências e a sua relação com os processos de evolução biológica

Apresentação e discussão do trabalho efetuado.

Exploração de recursos online relacionados com proteínas e interações proteicas proteicas

17 Março 2022, 11:00 • Margarida Henriques da Gama Carvalho

Trabalho de grupo para resposta às questões definidas na aula 1. A proteína Spike. 

Conhecer um conjunto de ferramentas e bases de dados que permitem fazer previsões sobre estrutura e função de proteínas (Uniprot e Prosite; Translate, ProtParam, PSort, Scan Prosite e Clustal W)

Compreender as ferramentas de tradução de ácidos nucleicos, identificando os diferentes quadros de leitura e o “Open Reading Frame” (ORF) principal

Conhecer a base de dados Uniprot, as anotações que contém e ferramentas de pesquisa incorporadas, descarregar ficheiros multi-fasta e utilizar e interpretar o resultado de algoritmos de alinhamento múltiplo

Compreender o conceito de dendrograma baseado em semelhanças de sequências e a sua relação com os processos de evolução biológica

Apresentação e discussão do trabalho efetuado.

Das estruturas às interacções proteína-proteína

16 Março 2022, 15:00 • Margarida Henriques da Gama Carvalho

Bases de dados de interações proteicas e métodos experimentais associados: métodos genéticos (Yeast two-hybrid) e bioquímicos (co-purificação). Conjugação da espectrometria de massa com  as bases de dados de sequências para a identificação sistemática de proteínas: peptide mass fingerprinting e ferramenta Peptide Mass. Intact: base de dados de interações de proteínas. Pesquisa e exploração gráfica de resultados. Limitações associadas aos algoritmos de expansão de dados de interação.