Da sequência às propriedades da proteína: Expasy, Prosite& UniProt

2 Março 2023, 17:00 • Margarida Henriques da Gama Carvalho

Continuação do caso de estudo: previsão bioinformática do impacto de uma variante nucleotídica na sequência da proteína, previsão de função e identificação de domínios essenciais. 

O portal Expasy e ferramentas associadas. “Translate”: algoritmo de previsão de ORFs. Regras de representação de sequências nucleotídicas nas bases de dados e justificação da necessidade da previsão de ORFs em seis quadros de leitura. Identificação de ORFs prováveis. “ProtParam” – previsão de características físico-químicas. “Psort” – previsão de localização sub-celular. “ScanProsite” – pesquisa de domínios proteicos e “assinaturas”. “Prosite” – uma base de dados de anotação de domínios e motivos proteicos. “UniProt” – base de dados de sequências anotadas de proteínas. Métodos de pesquisa e visualização de resultados no UniProt: pesquisa por palavra chave, restriçãoo de resultados, visualização taxonómica, recuperação de sequências, alinhamentos múltiplos e árvores filogenéticas. 

Identificação de domínios estruturais e funcionais das proteínas: relevância prática. PFAM – Protein Family Database: anotação sistemática de famílias proteicas baseada em alinhamentos múltiplos. Clustal W/Clustal Omega: ferramenta de alinhamento múltiplo de sequências e identificação de semelhanças, conservação, evolução e consensos.