Expressão Génica: Processamento de RNA

6 Abril 2020, 10:30 • Federico Herrera Garcia

Nesta aula, um artigo sobre o RNoma circular no cancro da mama (Marcel Smid et al. Genome Research 2019) foi apresentado pelos estudantes numa apresentação de 15 minutos. Resumo:Os RNAs circulares (circRNAs) são uma classe de RNAs que está sob escrutínio crescente, embora os seus papéis funcionais sejam debatidos. Analisámos dados de RNA-seq de 348 cancros primários da mama e desenvolvemos um método para identificar os RNAs circRNAs que não depende de leituras não mapeadas ou de junções conhecidas. Identificámos 95.843 circRNAs, dos quais 20.441 foram encontrados recurrentemente. Dos circRNAs que correspondem aos limites exon do mesmo gene, 668 mostraram uma correlação pobre ou mesmo negativa (R <0,2) com o nível de expressão do gene linear. Na análise de silico mostrou apenas uma minoria (8,5%) de circRNAs que poderia ser explicada por eventos conhecidos de emenda. Ambas estas observações sugerem que existem processos regulamentares específicos para os circRNAs. Confirmamos a presença de circRNAs de CNOT2, CREBBP, e RERE num pool independente de cancros mamários primários. Identificámos perfis de circRNA associados a subgrupos de cancros mamários e com características biológicas e clínicas, tais como a quantidade de infiltrado linfocitário tumoral e o índice de proliferação. Além disso, descobrimos que os níveis circCNOT2 circulares, e não lineares, são preditivos do tempo de sobrevivência sem progressão à terapia com inibidor de aromatase (IA) em doentes avançados com cancro da mama, e descobrimos que circCNOT2 é detectável no RNA livre de células a partir do plasma. Mostrámos que os circRNAs estão abundantemente presentes, mostram características de serem especificamente regulados, estão associados a propriedades clínicas e biológicas, e por isso são relevantes no cancro da mama... Após uma ronda de perguntas seleccionadas pelos seus colegas, os estudantes procederam à apresentação de uma perturbação genética (Xeroderma pigmentosa) numa apresentação em 3 slides seguida de uma nova ronda de perguntas e comentários finais.