Previsão de caraterísticas funcionais a partir da sequência. Previsão de estrutura 3D.

4 Outubro 2021, 11:00 • António Eduardo do Nascimento Ferreira

Classificação de proteínas em famílias e deteção de domínios a partir da sequência. Os alinhamentos múltiplos de sequências revistas como ponto de partida para a classificação de sequências novas. O portal InterPro como agregador de ferramentas de previsão de famílias/domínios a partir da sequência. Fundamentos dos algoritmos de previsão de família/domínio a partir da sequência. Padrões determinísticos, Position Specific Scoring Matrices e Hidden Markov Models. Aspetos quantitativos do desempenho de métodos de classificação binária: a noção de sensibilidade e especificidade. Comparação sumária do desempenho dos vários métodos. A previsão da estrutura proteíca (3D) a partir da sequência: as dificuldades e a competição CASP. A modelação por homologia: objetivo e fundamento, fases fundamentais, Medidas de qualidade dos modelos obtidos (QMEAN4) e limitações dos resultados. O portal SwissModel. A pesquisa de templates, a modelação e a otimização final por campo de forças empírico. Outros métodos de previsão de estrutura: métodos do tipo Rosetta.