HMMs. Modelação por homologia

19 Outubro 2018, 11:00 • António Eduardo do Nascimento Ferreira

Classificação de proteínas em famílias e deteção de domínios a partir da sequência. A motivação do desenvolvimento de classificadores com melhore desempenho que os padrões determinísticos. Os Hidden Markov Models: objetivos e construção a partir dos alinhamentos múltiplos. Mecanismo, Porbabilidades de geração de símbolos e transições. Aplicação à classificação de sequências. Parametrização de um HMM. O portal PFam: famílias e domínios, alinhamentos seed. HMM logos e inetrpretação. Varidade na arquitetura dos domínios em proteínas multidomínio. O portal InterPro, como consórcio: Exemplos da inetrpretação dos resultados de pesquisa.
A previsão da estrutura a partir da sequência: as dificuldades e a competição CASP. A modelação por homologia: objetivo e fundamento, fases fundamentais, medidas de qualidade dos modelos obtidos (QMEAN4) e limitações dos resultados. O portalr SwissModel. A pesquisa de templates, a modelação e a otimização final por campo de forças empírico.