HMMs. Modelação por homologia
13 Outubro 2017, 11:00 • António Eduardo do Nascimento Ferreira
Classificação de proteínas em famílias e deteção de domínios a partir da
sequência. A motivação do desenvolvimento de classificadores com
melhore desempenho que os padrões determinísticos. Os Hidden Markov Models:
objetivos e construção a partir dos alinhamentos múltiplos. Mecanismo,
Porbabilidades de geração de símbolos e transições. Aplicação à
classificação de sequências. Parametrização de um HMM. O portal PFam:
famílias e domínios, alinhamentos seed. HMM logos e inetrpretação.
Varidade na arquitetura dos domínios em proteínas multidomínio. O portal
InterPro, como consórcio: Exemplos da inetrpretação dos resultados de
pesquisa.
A previsão da estrutura a partir da sequência: as dificuldades e a
competição CASP. A modelação por homologia: objetivo e fundamento, fases
fundamentais, medidas de qualidade dos modelos obtidos (QMEAN4) e
limitações dos resultados. O portalr SwissModel. A pesquisa de templates, a modelação e a otimização final por campo de forças empírico.