Sumários
Aula T 22
29 Novembro 2016, 15:30 • Carlos Alberto Rodrigues Fernandes
Genética da paisagem: contexto, definições, objectivos, método operacional. Padrões genéticos espaciais. Importância dos microsatélites em genética da paisagem.
Ferramentas para identificar padrões genéticos (e.g. teste de Mantel, autocorrelação espacial, métodos Bayesianos de agrupamento, Wombling, algoritmo de Monmonier).
Correlacionar padrões genéticos com factores ambientais e da paisagem. Testes parciais de Mantel. Importância dos SIGs.
Transição de uma genética da paisagem descritiva para uma genética da paisagem que testa hipóteses explícitas fundamentadas em ecologia da paisagem.
GIS para definir hipóteses alternativas de resistência da paisagem em que diferentes variáveis ou factores da paisagem e ambientais são parameterizados com importâncias relativas diferentes. Hipótese nula: IBD (isolation-by-distance). Hipótese de barreiras (IBB, isolation-by-barrier). Exemplo com urso negro (Cushman et al 2006).
Aplicação da teoria do circuito eléctrico para modelar a resistência da paisagem ao fluxo genético (Circuitscape), uma abordagem mais robusta que a solução "óptima" única least-cost-path.
Exemplos de estudos de: a) análise espacial de estrutura genética populacional, b) conectividade entre áreas protegidas, c) "road genetics".
(Aula de 2h)
Aula T 21
24 Novembro 2016, 16:30 • Carlos Alberto Rodrigues Fernandes
Genómica da adaptação. Questões centrais correntes em genómica da
adaptação.
Tamanho efectivo das populações (Ne);
factores que afectam o Ne das populações.
Fluxo genético versus
estrutura genética. Métodos para estimar diferenciação e estrutura genética e fluxo genético.
Filogeografia. Uso de NGS/GBS para resolver filogeografias
recentes (pós-glaciares).
Bottlenecks e métodos para detectar bottlenecks recentes usando dados de microsatélites.
Inferências
de história demográfica com base em resultados de diversidade
nucleotídica e diversidade haplotípica para o DNA mitocondrial.
Mismatch distributions (distribuição do número observado de
diferenças nucleotidicas entre pares de haplótipos de DNA mitocondrial) e
inferência de história demográfica.
Genealogias em forma de estrela em
redes de haplótipos de DNA mitocondrial versus genealogias que sugerem
uma história demográfica estável.
(Aula de 2h)