Sumários
Métodos de análise dos elementos estruturais e funcionais à escala do genoma
5 Março 2020, 11:00 • Rui Artur Paiva Loureiro Gomes
Métodos de análise dos elementos estruturais e funcionais à escala do genoma ("genome-wide"): Microarranjos de DNA ("microarrays") e sequenciação de elevado rendimento ("high-throughput next-generation sequencing (NGS)", "deep sequencing", ou "massive parallel sequencing"). Microarranjos de um canal ou dois canais. Microarranjos de exões ("exon arrays") e microarranjos de genoma ladrilhado ou imbricado ("tiling arrays"). Comparação da qualidade e do tipo de informação retirada da análise de microarrays e de NGS. Princípios e comparação dos métodos de sequenciação de RNA e DNA por next-generation sequencing (NGS) e por Third-Generation Sequencing (TGS, long reads). Exemplos de utilização de RNA-seq e outros métodos de análise à escala genómica para elucidar a estrutura e expressão génica nos projetos modENCODE. Breve revisão da estrutura da cromatina, nucleossomas, modificações pós-tradução e “código das histonas”. Modelo de propagação das marcas epigenéticas. Exemplos de modificações nas caudas das histonas, de proteínas "binding" que as reconhecem e que por sua vez são reconhecidas por proteínas "writers" que a estas se ligam.. A complexidade do "código epigenético".
COVID-19. Bats are natural reservoirs of pathogenic viruses. The danger of using CRISPR to edit germline cells or embryos of bats.
27 Fevereiro 2020, 11:00 • Rui Artur Paiva Loureiro Gomes
Bats are natural reservoirs of pathogenic viruses (coronaviruses, Ebola, Marburg, …) because its immune system responds differently of other mammals. Bat cells in culture have already been edited with the CRISPR technology but, as far as we know, no one has yet edited bat’s embryos to produce a whole bat with a specific modification. The editing of genes of the immune system of bats would be extremely unpredictable and dangerous. For example, the genome editing with CRISPR to introduce the amino acid residue S358 into the STING (Simulator of interferon genes) protein of bats (S358 exists in the STING protein of human and other mammals, but not in bats) has already been done in bat cells in culture, but not in the whole organism. This editing could have unpredictable effects such has the production of “natural” recombinant coronaviruses as pathogenic as SARS-CoV-2, or even more virulent.
Apresentação da unidade curricular. Eucariogénese. Anotação do genoma dos eucariotas
20 Fevereiro 2020, 11:00 • Rui Artur Paiva Loureiro Gomes
Apresentação dos objetivos, programa, organização, bibliografia e métodos de avaliação da unidade curricular. Eucariogénese e avanços recentes na identificação de Archea do superfilo Asgard, e da sua eventual relação com ancestrais dos eucariotas. Os projetos ENCODE e modENCODE e a anotação dos genomas em eucariotas. Genes, cromossomas e epigenética. Visão geral da expressão génica