1.Interacções proteína-proteína: ligação a receptores, andaimes, adaptadores, complexos proteicos, homo- e heterodímeros

2.Conformação proteica

3.Actividade enzimática: pequenos cofactores de moléculas,...

4.Modificações pós-tradução (PTMs): fosforilação, acetilação, ubiquitinilação, clivagem, glicação, glicosilação,...

5.Localização subcelular: compartimentos celulares, clusters, jangadas lipídicas, amilóide, separação de fases líquido-líquido,...

6.Concentração: expressão genética/degradação de proteínas, estequiometria, acumulação, agregação, associação, hot-spots,...

7.Pequenos mediadores de sinalização: segundos mensageiros,...

Descrevemos as enzimas envolvidas nas PTMs mais comuns, o código da ubiquitina, a superfamília Ras e outras enzimas de sinalização não relacionadas com as PTMs, os diferentes tipos de domínios proteicos e a sua função e adaptadores e andaimes. Isto leva-nos à descrição de microdomínios onde proteínas específicas se podem concentrar e assim melhorar as hipóteses de interacção e a eficiência da transmissão de sinalização. Explicámos o papel do citoesqueleto, das jangadas lipídicas, da separação de fases líquido-líquido, e outras estruturas intracelulares não convencionais e microdomínios.