Sistemas S - Regulação da expressão génica

29 Março 2021, 10:00 • Fernando Jose Nunes Antunes

Sistemas S - Regulação da expressão génica (aula na plataforma zoom):

• Teoria da demanda.
  
• Sistemas catabólicos e anabólicos.
• Ciclo de vida do fago lambda.
• Teoria da demanda baseada na minimização dos erros na ligação entre biomoléculas
• Circuitos genéticos
• sistema indutível e reprimível.
• Tipo de acoplamento entre gene regulador e gene alvo
• Comparação com sistemas experimentais.

Sistemas S - análise de design (continuação)

22 Março 2021, 10:00 • Fernando Jose Nunes Antunes

Sistemas S - análise de design (aula virtual na plataforma zoom)

Análise dos seguintes critérios funcionais (continuação):

• Robustez a alterações da estrutura do sistema
• Estabilidade
• Resposta rápida

Sistemas S - Regulação da expressão génica:

• Controlo por ativador ou pelo repressor – adicionar ativador ou remover repressor?

Sistemas S - análise de design

15 Março 2021, 10:00 • Fernando Jose Nunes Antunes

Sistemas S - análise de design (aula virtual na plataforma zoom):

• Comparação de designs alternativos de retroação negativa.
• Critérios de eficiência funcional.
• Robustez versus performance.
• Comparação matemática controlada.
• Equivalência interna e externa.

• Análise dos seguintes critérios funcionais:

  1. Baixa acumulação dos intermediários
  metabólicos
  2. Minimização da alteração do produto final em
  resposta a uma alteração da sua necessidade
  3. Redução da síntese dos intermediários quando o
  produto é fornecido externamente

Sistemas S

8 Março 2021, 10:00 • Fernando Jose Nunes Antunes

Determinação experimental dos parâmetros do sistema S:

• Noção de ponto operacional.
  
• Ordens cinéticas para leis de velocidade comuns:
• Henri-Michaelis-Menten;
  
• HMM com inibição competitiva;
  
• equação de Hill;
• inibição competitiva com cooperatividade.
  
• Sistema S como uma aproximação em torno do ponto operacional.

Sistemas S

1 Março 2021, 10:00 • Fernando Jose Nunes Antunes

Sistemas S (aula lecionada na plataforma zoom):

• Análise de design metabólico – aplicação a uma via linear com retroação negativa.
  
• Linearização de sistemas S.
  
• Obtenção analítica do estado estacionário.
• Ganho logarítmico.