B4_T5: Propriedades amostradas com simulações de MM/MD (Part 1)

21 Maio 2024, 10:00 • Miguel Machuqueiro

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B4_TP2 - Tutorial de Dinâmica Molecular - Parte 2

15 Maio 2024, 14:30 • Miguel Machuqueiro

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A segunda parte do tutorial insidiu sobre a minimização da energia do sistema, a inicialização da temperatura (NVT) e da pressão (NPT) na dinâmica molecular. No final, descrevemos como se faz produção de trajectórias de MD.

B4_T4: Minimização de energia, Optimização da estrutura e Dinâmica Molecular (Parte 2)

14 Maio 2024, 11:00 • Miguel Machuqueiro

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Conceitos básicos de minimização de energia e optimização da estrutura das proteínas. Foram também dados os fundamentos da dinâmica molecular.

B4_T3: Minimização de energia, Optimização da estrutura e Dinâmica Molecular (Parte 1)

14 Maio 2024, 10:00 • Miguel Machuqueiro

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Conceitos básicos de minimização de energia e optimização da estrutura das proteínas. Foram também dados os fundamentos da dinâmica molecular.

B4_TP1 - Tutorial de Dinâmica Molecular - Parte 1

8 Maio 2024, 14:30 • Miguel Machuqueiro

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A aula prosseguiu em formato tutorial sobre como fazer simulações de dinâmica molecular. A primeira parte do tutorial incidiu sobre a construção de topologias e na preparação de sistemas usando o pacote de simulação GROMACS.