O Doutoramento em Biologia cobre virtualmente todas as áreas científicas da Biologia e pretende formar profissionais com uma sólida atitude científica e pleno domínio das metodologias de estudo na área da sua especialização.

No 1.º ano, passa obrigatoriamente a existir um Projeto de Investigação, com 30 ECTS, semestral; os restantes 30 ECTS poderão ser preenchidos com unidades curriculares (UC) opcionais e/ou Tese. 

Neste 1.º ano o estudante poderá, a conselho da comissão de coordenação do ciclo de estudos e do/da supervisor/a (ou supervisores) frequentar unidades curriculares de opção que se considere serem importantes para a sua formação de base; assim, o estudante poderá realizar uma ou mais UC, sendo que os restantes ECTS serão contemplados na UC Tese. 

Se o estudante não realizar quaisquer opções, os 30 ECTS restantes, correspondentes ao 1.º ano curricular, serão preenchidos com a UC Tese. 

. Bioinformática e Biologia Computacional;
. Biologia Celular e Molecular;
. Fisiologia e Biologia do Desenvolvimento;
. Biologia Evolutiva;
. Biologia Marinha e Aquacultura;
. Biologia Populacional;
. Biologia de Sistemas;
. Etologia;
. Ecologia e Biologia da Conservação;
. Genética e Microbiologia.