Disciplina Curricular
Simulação Bioquímica SBioqu
Licenciatura Bolonha em Bioquímica - 6_LBioq 2022/23
Contextos
Grupo: 6_LBioq 2022/23 > 1º Ciclo > Licenciatura em Bioquímica ou Minor > Minor em Química > 114_Opção IV - LBioq com Minor (CVIDA)
Período:
Grupo: 6_LBioq 2022/23 > 1º Ciclo > Licenciatura em Bioquímica ou Minor > Minor em Informática > 114_Opção IV - LBioq com Minor (CVIDA)
Período:
Grupo: 6_LBioq 2022/23 > 1º Ciclo > Licenciatura em Bioquímica ou Minor > Minor em Física > 114_Opção IV - LBioq com Minor (CVIDA)
Período:
Grupo: 6_LBioq 2022/23 > 1º Ciclo > Licenciatura em Bioquímica ou Minor > Minor em Biologia > 114_Opção IV - LBioq com Minor (CVIDA)
Período:
Grupo: 6_LBioq 2022/23 > 1º Ciclo > Licenciatura em Bioquímica ou Minor > Licenciatura em Bioquímica > Opcionais > 111_Opção I (QA)
Período:
Peso
6.0 (para cálculo da média)
Objectivos
Nesta disciplina pretende-se que os estudantes desenvolvam conhecimentos fundamentais nas áreas de Bioquímica Estrutural e Biologia de Sistemas, com ênfase especial nos aspectos de modelação e simulação de base computacional da estrutura de biomoléculas e da dinâmica de redes e vias celulares.
Programa
I - Biologia de Sistemas Computacional: 1) Introdução à simulação em Bioquímica. 2) Metodologias de construção de modelos. 3) Análise numérica de modelos baseados em ODEs. II - Visualização e modelação de estrutura de biomoléculas: 1) Visualização tridimensional da estrutura de proteínas. 2) Modelação estrutural de proteínas. III - Modelação de interacções proteína-ligando: 1) Preparação de bases de dados de ligandos. 2) Docking molecular e scoring functions. 3) High-Throughput Virtual Screening (HTVS). IV - Dinâmica Molecular: 1) Princípios da mecânica molecular e do uso de campos de forças. 2) Simulações de dinâmica molecular de proteínas e ligandos. 3) Estudo do espaço conformacional em sistemas fármaco/ proteína alvo e o seu impacto em várias aplicações terapêuticas.
Métodos de ensino e avaliação
Quatro relatórios escritos sobre os projecto computacionais executados em cada bloco de aulas (Nota mínima em cada um dos relatórios: 9,5)