Plano de Estudos
Métodos Quantitativos em Biologia de Sistemas MQBS
Contextos
Groupo: 2_MCD 2025/26 > 2º Ciclo > Parte Escolar > Opcionais 2º Semestre > 2010 - MCD - Grupo 4: Tópicos Alargados (QAC)
ECTS
6.0 (para cálculo da média)
Objectivos
Apresenta as principais abordagens computacionais na análise de sistemas biológicos complexos, incluindo análise de redes biológicas, com enfâse em redes de interação proteína-proteína e a sua associação a patologias, modelos dinâmicos de sistemas biológicos, modelos lógicos de redes regulatórias e de sinalização e modelos de escala genómica de redes metabólicas. Várias abordagens são exploradas através de projectos computacionais com execução acompanhada.
Programa
Análise estrutural de redes biológicas: -Análise de topologia de redes biológicas -Modelos baseados em distribuição de fluxos em estado estacionário Análise dinâmica de redes biológicas: -Modelação dinâmica determinística de redes biológicas. -Modelação dinâmica estocástica de redes biológicas. -Modelos lógicos de redes biológicas. -Métodos de exploração do espaço de parâmetros. Integração e inferência de redes biológicas com dados de larga escala: -Uso de redes biológicas para análise de dados de larga escala -Ajustamento de modelos a dados de séries temporais para determinação de parâmetros e estrutura do modelo. Princípios de design biológico: -Motivos de redes
Método de Avaliação
Método de avaliação Exame escrito (50%), questões sobre pequenos projectos computacionais feitos em aula durante o semestre (25%), projecto computacional realizado em grupo (25%)
Carga Horária
Carga Horária de Contacto -
Trabalho Autónomo - 126.0
Carga Total -
Bibliografia
Principal
- An introduction to Systems Biology: Design principles of biological circuits: Uri Alon 2006 Uri Alon (2006) An introduction to Systems Biology: Design principles of biological circuits, CRC Press
- Fundamentals of Systems Biology: From Synthetic Circuits to Whole-cell Models : Markus W. Covert 2015 Markus W. Covert (2015) Fundamentals of Systems Biology: From Synthetic Circuits to Whole-cell Models, CRC Press
- Networks: Mark Newman 2018 Oxford University Press
Secundária
- A First course in Systems Biology: Eberhard O. Voit 2013 Eberhard O. Voit (2013) A First course in Systems Biology, Garland Science
- Mathematical Modeling in Systems Biology: An Introduction: Brian P. Ingalls 2013 Brian P. Ingalls (2013) Mathematical Modeling in Systems Biology: An Introduction, MIT Press
- Network Science: Albert László Barabási 2016 Cambridge University Press