Plano de Estudos
Métodos Quantitativos em Biologia de Sistemas MQBS
Contextos
Groupo: 1_MCD 2018/19 a 2026/27 > 2º Ciclo > Parte Escolar > Opcionais > 733 - MCD - Grupo 4
Groupo: 1_MCD 2018/19 a 2026/27 > 2º Ciclo > Parte Escolar > Opcionais > 732 - MCD - Grupo 3
ECTS
6.0 (para cálculo da média)
Objectivos
Apresenta as principais abordagens computacionais na análise de sistemas biológicos complexos, incluindo análise de redes biológicas, com enfâse em redes de interação proteína-proteína e a sua associação a patologias, modelos dinâmicos de sistemas biológicos, modelos lógicos de redes regulatórias e de sinalização e modelos de escala genómica de redes metabólicas. Várias abordagens são exploradas através de projectos computacionais com execução acompanhada.
Programa
Análise estrutural de redes biológicas: -Análise de topologia de redes biológicas -Modelos baseados em distribuição de fluxos em estado estacionário Análise dinâmica de redes biológicas: -Modelação dinâmica determinística de redes biológicas. -Modelação dinâmica estocástica de redes biológicas. -Modelos lógicos de redes biológicas. -Métodos de exploração do espaço de parâmetros. Integração e inferência de redes biológicas com dados de larga escala: -Uso de redes biológicas para análise de dados de larga escala -Ajustamento de modelos a dados de séries temporais para determinação de parâmetros e estrutura do modelo. Princípios de design biológico: -Motivos de redes
Método de Avaliação
Método de avaliação Exame escrito (50%), questões sobre pequenos projectos computacionais feitos em aula durante o semestre (25%), projecto computacional realizado em grupo (25%)
Carga Horária
Carga Horária de Contacto -
Trabalho Autónomo - 126.0
Carga Total -
Bibliografia
Principal
- An introduction to Systems Biology: Design principles of biological circuits: Uri Alon 2006 Uri Alon (2006) An introduction to Systems Biology: Design principles of biological circuits, CRC Press
- Fundamentals of Systems Biology: From Synthetic Circuits to Whole-cell Models : Markus W. Covert 2015 Markus W. Covert (2015) Fundamentals of Systems Biology: From Synthetic Circuits to Whole-cell Models, CRC Press
- Networks: Mark Newman 2018 Oxford University Press
Secundária
- A First course in Systems Biology: Eberhard O. Voit 2013 Eberhard O. Voit (2013) A First course in Systems Biology, Garland Science
- Mathematical Modeling in Systems Biology: An Introduction: Brian P. Ingalls 2013 Brian P. Ingalls (2013) Mathematical Modeling in Systems Biology: An Introduction, MIT Press
- Network Science: Albert László Barabási 2016 Cambridge University Press