Aula 5

10 Maio 2022, 13:00 • Solveig Thorsteinsdottir

Processamento das imagens adquiridas na aula anterior. Construção de mosaicos, colocação de escalas e medição do eixo maior dos embriões dos diferentes estádios. Elaboração de um relatório com os resultados obtidos. Esta aula contou com o apoio do Luís Marques, técnico de microscopia.

 

Protocolo da aula:

ANÁLISE DAS IMAGENS DE EMBRIÕES DE GALINHA E AS SUAS MEDIÇÕES EM FIJI

 

Instalar Fiji:

1. descarregar o zip da pagina www.fiji.sc

2. criar a pasta C:\Fiji no Windows

3. descarregar o conteúdo do zip para essa pasta, deverão ficar com "C:\Fiji\fiji.app"

4. abrir o executável dentro dessa pasta, fazer as atualizações pedidas, e reiniciar se necessário

 

Montar mosaicos:

(apenas para BX60 e BX51)

1. em cada pasta que contem os ficheiros de "azulejos" (geralmente "Default"), remover o ficheiro "metadata.txt" - podem cortar e cortar para a pasta hierarquicamente acima.

2. abrir um dos ficheiros no Fiji (basta arrastar), ir a Image > Properties, e apontar os valores de "Pixel width / height" em micrómetros

3. Na barra do Fiji "Click here to search", procurar por "Grid/Collection Stitching", e abrir ("Run") esse plugin

4. Escolher "Type: Unknown Position", "OK".

5. Localizar para a pasta em actividade desde o ponto (1.).

Manter todos os settings, e único "check" deverá ser em "Display Fusion". "OK", e aguardar.

6. Na imagem computada, ir a Image > Properties, e repor os valores de "Pixel width / height" em micrómetros descobertos no ponto (2.)

7. Adicionar uma barra de escala de tamanho conveniente em Analyze > Tools > Scale Bar

8. Guardar como *.tiff

 

Medições eixo maior:

1. Abrir imagem mosaico computada no Fiji.

2. Clicar no ícone de selecção/linha com o botão direito e escolher "Segmented line".

3. Traçar um segmento quebrado reproduzindo fielmente a curva do embrião, duplo clique para terminar.

4. Duplo clique no ícone de linha para ajustar uma "spline" à linha, e aumentar a sua espessura.

 

Opção:

4.1. Medir a linha multi-segmentada directamente em "Analyze > Measure", apontar o valor para o Excel

OU

4.2. Ajustar a espessura da linha para compreender todo o embrião, e ir a "Edit > Selection > Straighten". Traçar uma linha perfeitamente rectilínea e medir essa linha em "Analyze > Measure". Apontar esse valor no Excel.

 

Dados:

1. Recolher medições do eixo maior do maior número possível de estágios e criar um gráfico de crescimento

2. Criar uma “plate” com um conjunto de imagens representativas dos diferentes estádios, idealmente à mesma escala

(dica: usar sempre a mesma escala nos mosaicos, inseri-los no Powerpoint, e ajustar os tamanhos relativos de todas as imagens de modo a que as BARRAS de escala tenham todas visualmente o mesmo tamanho)

Anotar convenientemente cada imagem, por exemplo apontando estruturas comuns na sequência (ver ficheiro “Formato_relatorio2_imagens_galinha.pdf”).

 

Material: Computadores portáteis, ratos, Fiji.