Sumários
Discussão de artigos. Preparação das apresentações.
11 Outubro 2021, 09:30 • Carlos Miguel Ribeiro da Silva Farinha
Discussão de artigos. Preparação das apresentações.
Previsão de caraterísticas funcionais a partir da sequência. Previsão de estrutura 3D.
4 Outubro 2021, 11:00 • António Eduardo do Nascimento Ferreira
Classificação de proteínas em famílias e deteção de domínios a partir da sequência. Os alinhamentos múltiplos de sequências revistas como ponto de partida para a classificação de sequências novas. O portal InterPro como agregador de ferramentas de previsão de famílias/domínios a partir da sequência. Fundamentos dos algoritmos de previsão de família/domínio a partir da sequência. Padrões determinísticos, Position Specific Scoring Matrices e Hidden Markov Models. Aspetos quantitativos do desempenho de métodos de classificação binária: a noção de sensibilidade e especificidade. Comparação sumária do desempenho dos vários métodos. A previsão da estrutura proteíca (3D) a partir da sequência: as dificuldades e a competição CASP. A modelação por homologia: objetivo e fundamento, fases fundamentais, Medidas de qualidade dos modelos obtidos (QMEAN4) e limitações dos resultados. O portal SwissModel. A pesquisa de templates, a modelação e a otimização final por campo de forças empírico. Outros métodos de previsão de estrutura: métodos do tipo Rosetta.
Discussão de artigos. Preparação das apresentações.
4 Outubro 2021, 09:30 • Cláudio Emanuel Moreira Gomes
Discussão de artigos. Preparação das apresentações.
Apresentação de artigos: artigos sobre aspetos gerais de relação entre estrutura e função.
4 Outubro 2021, 09:30 • António Eduardo do Nascimento Ferreira
Apresentação de artigos: artigos sobre aspetos gerais de relação entre estrutura e função. Apresentação dos artigos 1.1. e 1.2.
Classificação estrutural. PDB e cristalografia de raios X.
27 Setembro 2021, 11:00 • António Eduardo do Nascimento Ferreira
O Protein Data Bank como base de dados e portal de resultados estruturais. Ficheiros PDB e coordenadas atómicas. Fundamentos sobre a cristalografia de raios X de macromoléculas biológicas: lei da Bragg, cristalização de proteínas, difração e fatores e estrutura, fontes de raios X, densidades electrónicas e modelos estruturais. Validação de modelos estruturais. Generalidades sobre a classificação estrutural de proteínas. O papel do arranjo das estruturas secundárias. Classificação CATH: hierarquia e principais classes. O Protein Data Bank como repositório fundamental da informação estrutural de macromoléculas.