Sumários
Previsão da estrutura e função a partir da sequência.
12 Outubro 2018, 09:30 • António Eduardo do Nascimento Ferreira
Bases de dados de padrões determinísticos e PSSM. SUbmissaõ de sequências e interpretação de resultados.
Cristalografia de raios X, classificação estrutural de proteínas
28 Setembro 2018, 11:00 • António Eduardo do Nascimento Ferreira
Conclusão da aula anterior sobre cristalografia de raios X: lei da Bragg, cristalização de proteínas, difração e fatores e estrutura, fontes de raios X, densidades electrónicas e modelos estruturais. Validação de modelos estruturais. Generalidades sobre a classificação de proteínas em famílias: as classificações estruturais (SCOP e CATH) e as classificações com base na sequência. SCOP: Hierarquia e principais classes. O crescimento do número de folds SCOP. CATH: hierarquia e principais classes.
Representação de estruturas de proteínas com o UCSF Chimera
28 Setembro 2018, 09:30 • António Eduardo do Nascimento Ferreira
Introdução ao software UCSF Chimera: representações da estrutura de proteínas, Diversidade de tamanhos e de estruturas. Exemplos.
Fundamentos, PDB, cristalografia de raios X
21 Setembro 2018, 11:00 • António Eduardo do Nascimento Ferreira
Generalidades sobre a estrutura de proteínas. Níveis estruturais e representações. Visão moderna sobre o dogma central da biologia molecular. Definição de domínio. Exemplos. Relação entre domínio e subunidade. O Protein Data Bank como base de dados e portal de resultados estruturais. Ficheiros PDB e coordenadas atómicas. Fundamentos sobre a cristalografia de raios X de macromoléculas biológicas: lei da Bragg.
Apresentação
21 Setembro 2018, 09:30 • António Eduardo do Nascimento Ferreira
Apresentação. Objectivos e normas de funcionamento. Programa da disciplina. Avaliação. Bibliografia.