Sumários
Folding de proteínas: conceitos fundamentais e termodinâmica
26 Outubro 2018, 11:00 • Cláudio Emanuel Moreira Gomes
A diversidade estrutural de proteinas e introdução ao problema do folding de proteínas Generalidades sobre a diversidade estrutural de proteinas. O problema do folding de proteínas: perspectiva histórica e desafios actuais. As proteínas como entidades dinâmicas: dinâmica e flexibilidade da conformação proteica. A experiência de Anfinsen e a hipótese termodinâmica. A experiência de Anfinsen e a hipótese termodinâmica do processo de folding proteico. Definição de estado nativo e unfolded. A cinética da reacção de folding proteico: o paradoxo de Levinthal e o conceito de funil energético.
Determinação da estabilidade proteica e métodos experimentais
26 Outubro 2018, 09:30 • Cláudio Emanuel Moreira Gomes
Breves noções sobre métodos experimentais para análise estrutural e folding de proteínas: calorimetria diferencial de varrimento e espectroscopias de fluorescência e dicroísmo circular.
HMMs. Modelação por homologia
19 Outubro 2018, 11:00 • António Eduardo do Nascimento Ferreira
Classificação de proteínas em famílias e deteção de domínios a partir da sequência. A motivação do desenvolvimento de classificadores com melhore desempenho que os padrões determinísticos. Os
Hidden Markov Models: objetivos e construção a partir dos alinhamentos múltiplos. Mecanismo, Porbabilidades de geração de símbolos e transições. Aplicação à classificação de sequências. Parametrização de um HMM. O portal PFam: famílias e domínios, alinhamentos seed. HMM
logos e inetrpretação. Varidade na arquitetura dos domínios em proteínas multidomínio. O portal InterPro, como consórcio: Exemplos da inetrpretação dos resultados de pesquisa.
A previsão da estrutura a partir da sequência: as dificuldades e a competição CASP. A modelação por homologia: objetivo e fundamento, fases fundamentais, medidas de qualidade dos modelos obtidos (QMEAN4) e limitações dos resultados. O portalr
SwissModel. A pesquisa de
templates, a modelação e a otimização final por campo de forças empírico.
InterPro. Swiss Model
19 Outubro 2018, 09:30 • António Eduardo do Nascimento Ferreira
Sobreposição e relação entre conservação de sequência e conservação estrutural em 3 recetores de membrana usando o UCSF Chimera. Pesquisa e interpretação dos resultados de métodos de deteção de características funcionais nos portais ProSIte, PFam, e InterPro. Submissão de uma sequência ao portal SwissModel. Interpretação dos resultados.
Previsão da estrutura e função a partir da sequência.
12 Outubro 2018, 11:00 • António Eduardo do Nascimento Ferreira
Generalidades sobre a classificação de proteínas em famílias: a interseção entre a classificação e a previsão funcional. Aspetos quantitativos sobre a determinação da estrutura e função a partir da sequência. Medidas quantitativas da semelhança de sequência e semelhança estrutural.Classificação de proteínas em famílias e deteção de domínios a partir da sequência. Os alinhamentos múltiplos de sequências revistas como ponto de partida para a classificação de sequências novas. Padrões determinísticos. O portal PROSITE. O desempenho de classificadores binários. A matriz de confusão, Sensibilidade, recall, especificidade e precisão. Problemas no desempenho de padrões determinísticos. As Position Specific Scoring Matrices. Os perfis probabilísticos no PROSITE.