Sumários
Classificação de proteínas em famílias e deteção de domínios a partir da sequência.
27 Setembro 2019, 11:00 • António Eduardo do Nascimento Ferreira
O Protein Data Bank como base de dados e portal de resultados estruturais. Ficheiros PDB e coordenadas atómicas. Fundamentos sobre a cristalografia de raios X de macromoléculas biológicas: lei da Bragg, cristalização de proteínas, difração e fatores e estrutura, fontes de raios X, densidades electrónicas e modelos estruturais. Validação de modelos estruturais.Classificação de proteínas em famílias e deteção de domínios a partir da sequência. Os alinhamentos múltiplos de sequências revistas como ponto de partida para a classificação de sequências novas. Padrões determinísticos. O portal PROSITE. As Position Specific Scoring Matrices. Os perfis probabilísticos no PROSITE. Os Hidden Markov Models: objetivos e construção a partir dos alinhamentos múltiplos. Mecanismo, Porbabilidades de geração de símbolos e transições. Aplicação à calssificação de sequências. O portal PFam: famílias e domínios.
Discussão de artigos. Preparação das apresentações.
27 Setembro 2019, 09:30 • Cláudio Emanuel Moreira Gomes
Discussão de artigos. Preparação das apresentações.
Discussão de artigos
27 Setembro 2019, 09:30 • António Eduardo do Nascimento Ferreira
Discussão de artigos. Preparação das apresentações: artigos sobre conceitos gerais e de previsão com base na sequência.
Generalidades sobre estrutura de proteínas. Domínios.
20 Setembro 2019, 11:00 • António Eduardo do Nascimento Ferreira
Generalidades sobre a estrutura de proteínas. Níveis estruturais e representações. Visão moderna sobre o dogma central da biologia molecular. Definição de domínio. Exemplos. Relação entre domínio e subunidade.Generalidades sobre a classificação estrutural de proteínas. O papel do arranjo das estruturas secundárias. Classificação CATH: hierarquia e principais classes. O Protein Data Bank como repositório fundamental da informação estrutural de macromoléculas.
Discussão de artigos. Preparação das apresentações.
20 Setembro 2019, 09:30 • Cláudio Emanuel Moreira Gomes
Discussão de artigos. Preparação das apresentações.