Mapeamento do genoma em 3D
12 Outubro 2018, 08:00 • Rita Zilhão
<!-- /* Font Definitions */ @font-face {font-family:"Cambria Math"; panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4; mso-font-charset:0; mso-generic-font-family:roman; mso-font-pitch:variable; mso-font-signature:-536870145 1107305727 0 0 415 0;} @font-face {font-family:Calibri; panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4; mso-font-charset:0; mso-generic-font-family:swiss; mso-font-pitch:variable; mso-font-signature:-536859905 -1073697537 9 0 511 0;} /* Style Definitions */ p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal {mso-style-unhide:no; mso-style-qformat:yes; mso-style-parent:""; margin:0cm; margin-bottom:.0001pt; mso-pagination:widow-orphan; font-size:12.0pt; font-family:"Calibri",sans-serif; mso-ascii-font-family:Calibri; mso-ascii-theme-font:minor-latin; mso-fareast-font-family:Calibri; mso-fareast-theme-font:minor-latin; mso-hansi-font-family:Calibri; mso-hansi-theme-font:minor-latin; mso-bidi-font-family:"Times New Roman"; mso-bidi-theme-font:minor-bidi; mso-ansi-language:EN-GB;} .MsoChpDefault {mso-style-type:export-only; mso-default-props:yes; font-family:"Calibri",sans-serif; mso-ascii-font-family:Calibri; mso-ascii-theme-font:minor-latin; mso-fareast-font-family:Calibri; mso-fareast-theme-font:minor-latin; mso-hansi-font-family:Calibri; mso-hansi-theme-font:minor-latin; mso-bidi-font-family:"Times New Roman"; mso-bidi-theme-font:minor-bidi; mso-ansi-language:EN-GB;} @page WordSection1 {size:612.0pt 792.0pt; margin:72.0pt 72.0pt 72.0pt 72.0pt; mso-header-margin:36.0pt; mso-footer-margin:36.0pt; mso-paper-source:0;} div.WordSection1 {page:WordSection1;} -->
Mapeamento do genoma em 3D: Organização do núcleo em interfase. A conformação do genoma é dinâmica. Transcrição dos genes co-localiza com focos de RNA polimerase II. Princípios da metodologia de mapeamento do genoma: “Chromosome conformation capture – 3C”. Adaptações de 3C. Hi-C permite uma visaõ abrangente do genoma. Sequenciação Illumina. Representação e interpretação dos resultados por métodos 3C. Compartimentos dos cromossomas. Domínios topologicamente associados (Topological associated domains – TADs). DNA-DNA “loops”. Modelo de “loop extrusion” para a determinação da confirmação do genoma. Compartimentos vs TADs. Outros métodos: “C-walks”, “Genome architecture mapping” – GAM, “Split-pool recognition of interactions by tag extension” – SPRITE.