Sumários
25 Fevereiro 2025, 15:30
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Pedro Daniel Mocho Lopes
Introdução e prática em Mesquite. Introdução e prática em TNT. Abertura de bases de dados de caracteres morfológicos em TNT. Seleção de outgroup e ingroup. Verificar e modificar estados de caracter (additive, active, etc.). Aplicação de Equal weight e implied weight. Introdução aos diferentes tipos de análise: Implicit enumeration, Tradicional Search e New Technology Search. Como obter o número de árvores, longitude (tree lenght)? Introdução ao Tree view. Identificação de sinapomorfias e autapomorfias locais com base nas topologias existentes. Mapear sinapomorfias. Mapear caracteres. Estabelecer árvores de consenso [Strict (=Nelsen) e Majority Rule). Identificar wild-card taxa (Pruned Trees). Avaliar grau de suporte dos ramos (Bootstrap, Jacknife, Symmmetric resampling y BREMER support). Estatísticas descritivas e utilização stats.run. Definição dos objetivos do primeiro protocolo prático.
- Goloboff PA, Catalano SA. 2016. TNT version 1.5, including a full implementation of phylogenetic morphometrics. Cladistics, 32: 221–238.
- Goloboff PA, Farris JS, Nixon KC. 2003. T.N.T.: tree analysis using new technology. Program and documentation. Available at www.zmuc.dk/public/phylogeny/tnt
- Goloboff P, Farris J, Nixon K. 2008. TNT, a free program for phylogenetic analysis. Cladistics, 24: 774-786.
25 Fevereiro 2025, 12:30
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Pedro Daniel Mocho Lopes
Introdução aos peixes com mandíbula (Gnathostomata) e aos tetrapodes. Gnathostomata e hipóteses sobre a evolução da mandíbula (Gill Arch hypothesis, Ventilation hypothesis, etc.). Articulação da mandíbula nos membros de Gnathostomata. Placodermi (Acanthothoraci, Rhenanida, Antiarchi, Petalichthyida, Ptyctodontida, Phyllolepida e Arthrodira): principais características, paleobiologia e filogenia (caracterização das suas armaduras ósseas na região da cabeça e ombros). Placodermi é um grupo monofilético ou parafilético? Introdução aos Chondrichthyes. Acanthodii e sua posição filogenética. Osteichthyes: principais características. Tipos de barbatanas. Introdução a Actinopterygii. Sarcopterygii (Actinistia, Onychodontida e Dipnomorpha): principais características, paleobiologia e filogenia. Evolução inicial de Tetrapodomorpha (Porolepiformes, Onychodontida, Rhizodontida, Osteolepidae, Tristichopteridae, Panderichthyida. Faunas do Silúrico e Devónico e Extinção do Devónico superior.
- Benton MJ. 2014 Benton MJ. 2014. Vertebrate Palaeontology. Wiley-Blackwell; 4th edition
- Miyashita T. 2016. Fishing for jaws in early vertebrate evolution: a new hypothesis of mandibular confinement. Biological Reviews 91, 611-657. https://doi.org/10.1111/brv.12187
- Pough FH, Janis CM, Haiser JB 2008. Vertebrate Life. Pearson Education.
18 Fevereiro 2025, 15:30
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Pedro Daniel Mocho Lopes
Taxonomia e Hierarquia Lineana; Sistemática Filogenética. Escolas Fenética, Evolutiva e Cladística. Definições de Homologia, Homoplasia, Cladograma, Caracter, Estado ancestral = plesiomorfia, Estado derivado = apomorfia e Clado, autapomorfia, plesiomorfia, simplesiomorfia, apomorfia, monofilia, parafilia e polifilia. Matrizes (como construir uma matriz de dados morfológicos). Tipos de Cladograma. Métodos de Codificação e Critérios de otimização dos caracteres. Peso de Caracteres. Representação das árvores filogenéticas. Construção de cladogramas. Estratégia de pesquisas: (i) pesquisa exaustiva; e (ii) Branch and Bound. Métodos de Otimização: Máxima parcimónia, Maximum Likelihood, least-square distances. Árvores de Consenso (Consenso estrito, Consenso semi-estrito, Consenso de Nelson, Consenso de Adams, Consenso de maioria (Majority-Rule). Avaliar o grau de suporte (Bootstrap, Jacknife, Bremer support). Estatísticas descritivas em Máxima Parsimónia. Introdução ao Mesquite. Introdução ao TNT.
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Taxonomy and Linnaean Hierarchy; Phylogenetic Systematics. Phenetic, Evolutionary, and Cladistic Schools. Definitions of Homology, Homoplasy, Cladogram, Character, Ancestral State = Plesiomorphy, Derived State = Apomorphy, and Clade, Autapomorphy, Plesiomorphy, Simplesiomorphy, Apomorphy, Monophyly, Paraphyly, and Polyphyly. Matrices (how to construct a morphological data matrix). Types of Cladograms. Methods of Coding and Criteria for Character Optimization. Character Weight. Representation of Phylogenetic Trees. Cladogram Construction. Search Strategies: (i) Exhaustive search; and (ii) Branch and Bound. Optimization Methods: Maximum Parsimony, Maximum Likelihood, Least-Square Distances. Consensus Trees (Strict Consensus, Semi-Strict Consensus, Nelson Consensus, Adams Consensus, Majority-Rule Consensus). Evaluating Support Degree (Bootstrap, Jackknife, Bremer Support). Descriptive Statistics in Maximum Parsimony. Introduction to Mesquite. Introduction to TNT.
18 Fevereiro 2025, 12:30
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Vanda Arlete Faria dos Santos
Introdução
à disciplina de Paleobiologia e Evolução de Vertebrados e critérios de
avaliação.
Apresentação
geral do programa teórico da disciplina.
Apresentação
da disciplina e métodos de avaliação.
O que é a
paleontologia de vertebrados e principais métodos de estudo. Filogenia animal e
as relações filogenéticas entre Deuterostómios. Origem dos Cordados e dos
Vertebrados. Introdução aos clados de deuterostomados não-cordados
(hemicordados e equinodermes) e aos cordados não-vertebrados (Urochordata,
Cephalochordatae). Vertebrados Câmbricos e Peixes sem mandíbulas (e.g.
Conodonta, Heterostraci, Anaspida, Thelodonti, Osteostraci). Introdução aos
peixes com mandíbula (Gnathostomata) e aos tetrapodes. Principais métodos de
estudo de fósseis de restos osteológicos: prospecção; escavação; preparação e
descrição de material fóssil. Icnofósseis (pegadas, ovos e ninhos, gastrólitos
e coprólitos) e principais métodos de estudo: limpeza de superfícies com pegadas;
descrição de pegadas e rastos; obtenção de dados com a tecnologia LiDAR, com
modelos fotogramétricos, modelos 3D e análises morfométricas; interpretação
paleobiológica e paleoecológica das pegadas; preparação de cascas de ovos
fossilizados; secções finas das cascas vistas ao microscópio eletrónico de
varrimento.
Benton, M.J. 2014. Vertebrate Palaeontology. 4th ed. Wiley-Blackwell
480pp.
Pough FH, Janis CM, Haiser JB 2008. Vertebrate Life. Pearson Education.
Silva, C.M. 2020.
Temas de Paleontologia: 5. O que é a Paleontologia? You Tube 16/05/2020. https://youtu.be/g1CbgmHVxGE