Representações 3D de macromoléculas

16 Março 2018, 15:00 • António Eduardo do Nascimento Ferreira

Série de problemas 3: ficheiros de coordenadas do Protein Data Bank. Uso do software UCSF Chimera para representação da estrutura 3D de proteínas: vários tipos de representações. Seleção de partes da estrutura e representações mistas. Medição de distâncias e ângulos.

Da expressão à função

15 Março 2018, 17:00 • Margarida Henriques da Gama Carvalho

Genómica funcional e perfis comparativos de proteoma e transcritoma: métodos experimentais e bases de dados. PRIDE: repositório de dados de proteómica e suas ferramentas de pesquisa. Array Express e Expression Atlas – bases de dados de transcritómica centradas na experiência ou no gene. Necessidade de regras de normalização das anotações de dados experimentais: exemplo do protocolo MIAME. Integração da informação em vias (Pathways) – Reactome. 

O Gene Ontology Project: origens e objectivos. Definição de ontologia. Gene Ontology – características, hierarquização de termos, relações entre termos e códigos de evidência. Aplicação da Gene Ontology na comparação e previsão funcional: abordagem geral e aplicação concreta.

Representações 3D de macromoléculas

15 Março 2018, 15:00 • António Eduardo do Nascimento Ferreira

Série de problemas 3: ficheiros de coordenadas do Protein Data Bank. Uso do software UCSF Chimera para representação da estrutura 3D de proteínas: vários tipos de representações. Seleção de partes da estrutura e representações mistas. Medição de distâncias e ângulos.

Representações 3D de macromoléculas

15 Março 2018, 11:00 • António Eduardo do Nascimento Ferreira

Série de problemas 3: ficheiros de coordenadas do Protein Data Bank. Uso do software UCSF Chimera para representação da estrutura 3D de proteínas: vários tipos de representações. Seleção de partes da estrutura e representações mistas. Medição de distâncias e ângulos.

Das sequências e estruturas às interacções funcionais

14 Março 2018, 15:00 • Margarida Henriques da Gama Carvalho

Identificação de domínios estruturais e funcionais das proteínas: relevância prática. Protein Data Bank: base de dados de estruturas proteicas. Métodos experimentais de obtenção de modelos estruturais (NMR e cristalografia de Raio-X) e limitação atual dos algoritmos de previsão teórica. Diferentes modelos de representação estrutural e sobreposição de códigos de cores. Pesquisa e visualização interativa de estruturas de proteínas e interação com ligandos no PDB. Integração de diferentes níveis de informação estrutural pelo NCBI. Jogos de computador comunitários como auxiliares da modelação de estruturas de macromoléculas – exemplo do foldit.

Bases de dados de interações proteicas e métodos experimentais associados: métodos genéticos (Yeast two-hybrid) e bioquímicos (co-purificação). Conjugação da espectrometria de massa com  as bases de dados de sequências para a identificação sistemática de proteínas: peptide mass fingerprinting e ferramenta Peptide Mass. Intact: base de dados de interações de proteínas. Pesquisa e exploração gráfica de resultados. Limitações associadas aos algoritmos de expansão de dados de interação.