Sumários

Portal NCBI

2 Março 2018, 15:00 • António Eduardo do Nascimento Ferreira

Ficha de problemas 1: portal NCBI. Genome Data Viewer: pesquisa de genes, mapas de localização cromossómica, mapas de transcrição, splicing e tradução. Obtenção de sequências em formato FASTA. Pesquisa de informação em anotações de genes. Relações numéricas entre o comprimento dos genes, mRNA, sequência codificante e proteína.

Bases de dados e ferramentas de pesquisa II (pesquisa por alinhamento de sequências)

1 Março 2018, 17:00 • Margarida Henriques da Gama Carvalho

Caso de estudo: utilização de abordagens bioinformáticas simples para caracterização de uma variante genética de relevância clínica. Métodos de obtenção de dados biológicos: sequenciação de péptidos por degradação de Edman, PCR e sequenciação de Sanger para ácidos nucleicos. Pesquisa de sequências semelhantes em bases de dados usando algoritmos de alinhamento: estratégias e quantificação de graus de semelhança. Utilização do NCBI-BLAST: tipos de pesquisa, formulários de submissão, parâmetros ajustáveis e interpretação de resultados. Algoritmo tblastn: pesquisa de uma sequência proteica numa base de dados de núcleotidos traduzida. Quantificação de semelhança num alinhamento de proteínas com recurso a matrizes de substituição. Raw score, Bit Score e E-value. Informações acessíveis a partir de um resultado Blast – RefSeqGene, GeneID, sequências de transcritos em formato GenBank flat e FASTA.

Portal NCBI

1 Março 2018, 15:00 • António Eduardo do Nascimento Ferreira

Portal NCBI

1 Março 2018, 11:00 • António Eduardo do Nascimento Ferreira

Bases de dados e ferramentas de pesquisa I

28 Fevereiro 2018, 15:00 • Margarida Henriques da Gama Carvalho

Origem da informação disponível nas bases de dados. Necessidade de anotações e ferramentas para gerar conhecimento a partir da informação. Formas e tipos de anotação. Anotação automática de ORFs (Open Reading Frames); proteínas hipotéticas. Tipos de ferramentas. A diferença entre base de dados, interface e algoritmos de pesquisa/análise. Necessidade de formatos de dados standardizados (FASTA, flat). Organização das bases de dados – o modelo DAS. Principais repositórios de informação biológica – NCBI, EMBL/EBI e DDBJ (International Nucleotide Sequence Database Collaboration). Outras instituições/repositórios de referência – UCSC Genome Browser; Sanger Center UK/Vega Genome Browser; Flybase; Swiss Institute of Bioinformatics/Expasy. Navegando no NCBI GenBank. Organização dos dados, interfaces – MapViewer, Genome Data Viewer.