Da expressão génica à anotação funcional

4 Março 2021, 17:00 • Margarida Henriques da Gama Carvalho

Genómica funcional e perfis comparativos de proteoma e transcritoma: métodos experimentais e bases de dados. PRIDE: repositório de dados de proteómica e suas ferramentas de pesquisa. Array Express e Expression Atlas – bases de dados de transcritómica centradas na experiência ou no gene. Necessidade de regras de normalização das anotações de dados experimentais: exemplo do protocolo MIAME. Integração da informação em vias (Pathways) – Reactome. 

O Gene Ontology Project: origens e objectivos. Definição de ontologia. Gene Ontology – características, hierarquização de termos, relações entre termos e códigos de evidência. Aplicação da Gene Ontology na comparação e previsão funcional: abordagem geral e aplicação concreta.

Exploração de recursos online relacionados com proteínas e interações proteicas proteicas

4 Março 2021, 15:00 • Margarida Henriques da Gama Carvalho

Trabalho de grupo para resposta às questões definidas na aula 1. A proteína Spike. 

Conhecer um conjunto de ferramentas e bases de dados que permitem fazer previsões sobre estrutura e função de proteínas (Uniprot e Prosite; Translate, ProtParam, PSort, Scan Prosite e Clustal W)

Compreender as ferramentas de tradução de ácidos nucleicos, identificando os diferentes quadros de leitura e o “Open Reading Frame” (ORF) principal

Conhecer a base de dados Uniprot, as anotações que contém e ferramentas de pesquisa incorporadas, descarregar ficheiros multi-fasta e utilizar e interpretar o resultado de algoritmos de alinhamento múltiplo

Compreender o conceito de dendrograma baseado em semelhanças de sequências e a sua relação com os processos de evolução biológica

Apresentação e discussão do trabalho efetuado.

Exploração de recursos online relacionados com proteínas e interações proteicas proteicas

4 Março 2021, 11:00 • Margarida Henriques da Gama Carvalho

Trabalho de grupo para resposta às questões definidas na aula 1. A proteína Spike. 

Conhecer um conjunto de ferramentas e bases de dados que permitem fazer previsões sobre estrutura e função de proteínas (Uniprot e Prosite; Translate, ProtParam, PSort, Scan Prosite e Clustal W)

Compreender as ferramentas de tradução de ácidos nucleicos, identificando os diferentes quadros de leitura e o “Open Reading Frame” (ORF) principal

Conhecer a base de dados Uniprot, as anotações que contém e ferramentas de pesquisa incorporadas, descarregar ficheiros multi-fasta e utilizar e interpretar o resultado de algoritmos de alinhamento múltiplo

Compreender o conceito de dendrograma baseado em semelhanças de sequências e a sua relação com os processos de evolução biológica

Apresentação e discussão do trabalho efetuado.

Das estruturas às interacções proteína-proteína

3 Março 2021, 15:00 • Margarida Henriques da Gama Carvalho

Bases de dados de interações proteicas e métodos experimentais associados: métodos genéticos (Yeast two-hybrid) e bioquímicos (co-purificação). Conjugação da espectrometria de massa com  as bases de dados de sequências para a identificação sistemática de proteínas: peptide mass fingerprinting e ferramenta Peptide Mass. Intact: base de dados de interações de proteínas. Pesquisa e exploração gráfica de resultados. Limitações associadas aos algoritmos de expansão de dados de interação.

Exploração de recursos online relacionados com sequências de DNA e genes

26 Fevereiro 2021, 15:00 • Margarida Henriques da Gama Carvalho

Trabalho de grupo para resposta às questões definidas na aula 1. O receptor ACE2. Familiarização com as principais bases de dados bioinformáticos com acesso via Web: NCBI; Uniprot; EBI.

Capacidade de navegar no Genome Web Browser do NCBI para visualização de regiões genómicas específicas e recuperação de sequências.

Compreensão dos formatos organização de informações sobre genes, transcritos e proteínas no NCBI, respetivos identificadores e ficheiros GenBank, GenPep e Fasta.

Conhecimento de alguns identificadores básicos: GenBank/Ensembl/UniProt ID, Gene Name, Gene Symbol.

Capacidade de recuperar informação a partir de um nome ou identificador, ou de uma pesquisa por sequência.

Capacidade de interpretar os resultados de uma pesquisa BLAST.

Compreensão dos diferentes tipos e fontes de anotação.

Apresentação e discussão do trabalho efetuado.