Sumários
Bases de dados e ferramentas de pesquisa II
18 Fevereiro 2021, 17:00 • Margarida Henriques da Gama Carvalho
Caso de estudo: utilização de abordagens bioinformáticas simples para caracterização de uma variante genética de relevância clínica. Pesquisa de sequências semelhantes em bases de dados usando algoritmos de alinhamento: estratégias e quantificação de graus de semelhança. Utilização do NCBI-BLAST: tipos de pesquisa, formulários de submissão, parâmetros ajustáveis e interpretação de resultados. Quantificação de semelhança em alinhamentos nucleotídicos e de proteínas, com recurso a matrizes de substituição. Raw score, Bit Score e E-value. Alinhamento de duas sequências: “bl2seq specialized BLAST” e o método da matriz de pontos. Exemplo das limitações dos algoritmos de alinhamento no tratamento de sequências repetidas.
Introdução à Bioinformática na ótica do utilizador
18 Fevereiro 2021, 15:00 • Margarida Henriques da Gama Carvalho
Apresentação do programa das TPs – aprendizagem baseada em problemas. Introdução ao problema: Interação do SARS-CoV-2 com o hospedeiro – compreensão dos mecanismos moleculares e desenvolvimento de soluções terapêuticas. Trabalho de grupo: Identificar questões que têm sobre a infeção; Identificar questões que podem ser resolvidas por abordagens bioinformáticas; Preparação de um slide para apresentação; Discussão e elaboração de um plano de trabalho para a turma. Como trabalhar em bioinformática. Capacidade de aplicar os recursos disponíveis à resolução de problemas bioquímicos concretos.
Introdução à Bioinformática na ótica do utilizador
18 Fevereiro 2021, 11:00 • Margarida Henriques da Gama Carvalho
Apresentação do programa das TPs – aprendizagem baseada em problemas. Introdução ao problema: Interação do SARS-CoV-2 com o hospedeiro – compreensão dos mecanismos moleculares e desenvolvimento de soluções terapêuticas. Trabalho de grupo: Identificar questões que têm sobre a infeção; Identificar questões que podem ser resolvidas por abordagens bioinformáticas; Preparação de um slide para apresentação; Discussão e elaboração de um plano de trabalho para a turma. Como trabalhar em bioinformática. Capacidade de aplicar os recursos disponíveis à resolução de problemas bioquímicos concretos.
Bases de dados e ferramentas de pesquisa I
17 Fevereiro 2021, 15:00 • Margarida Henriques da Gama Carvalho
Origem da informação disponível nas bases de dados. Necessidade de anotações e ferramentas para gerar conhecimento a partir da informação. Formas e tipos de anotação. Anotação automática de ORFs (Open Reading Frames); proteínas hipotéticas. Tipos de ferramentas. A diferença entre base de dados, interface e algoritmos de pesquisa/análise. Necessidade de formatos de dados standardizados (FASTA, flat). Organização das bases de dados. Principais repositórios de informação biológica – NCBI, EMBL/EBI e DDBJ (International Nucleotide Sequence Database Collaboration). Outras instituições/repositórios de referência – UCSC Genome Browser; Sanger Center UK/Vega Genome Browser; Flybase; Swiss Institute of Bioinformatics/Expasy. Visão geral da organização do GenBank - NCBI