Programação: objetos fundamentais.

11 Março 2021, 17:00 • António Eduardo do Nascimento Ferreira

Programação em Python: tipos fundamentais de objetos números inteiros, em vírgula flutuante e complexos. Strings. Expressões. Atribuição de nomes a objetos.

Visualização de estruturas 3D e avaliação

11 Março 2021, 15:00 • Margarida Henriques da Gama Carvalho

Teste de avaliação. Exercícios de visualização de de modelos de estrutura tridimensional usando o software UCSF Chimera.

Saber fazer a visualização/interpretação de estruturas moleculares no Protein Data Bank e utilizando o UCSF Chimera. 

Visualização de estruturas 3D e avaliação

11 Março 2021, 11:00 • Margarida Henriques da Gama Carvalho

Teste de avaliação. Exercícios de visualização de de modelos de estrutura tridimensional usando o software UCSF Chimera.

Saber fazer a visualização/interpretação de estruturas moleculares no Protein Data Bank e utilizando o UCSF Chimera. 

Programação: enquadramento

10 Março 2021, 15:00 • António Eduardo do Nascimento Ferreira

Programação em Python: enquadramento na UC, linguagem e versão a usar, distribuição a instalar. Recursos de apoio. Exemplo de aplicação: distribuição de estruturas secundárias em proteínas de um mesmo organismo.

Exploração de recursos online relacionados com proteínas e interações proteicas proteicas

5 Março 2021, 15:00 • Margarida Henriques da Gama Carvalho

Trabalho de grupo para resposta às questões definidas na aula 1. A proteína Spike. 

Conhecer um conjunto de ferramentas e bases de dados que permitem fazer previsões sobre estrutura e função de proteínas (Uniprot e Prosite; Translate, ProtParam, PSort, Scan Prosite e Clustal W)

Compreender as ferramentas de tradução de ácidos nucleicos, identificando os diferentes quadros de leitura e o “Open Reading Frame” (ORF) principal

Conhecer a base de dados Uniprot, as anotações que contém e ferramentas de pesquisa incorporadas, descarregar ficheiros multi-fasta e utilizar e interpretar o resultado de algoritmos de alinhamento múltiplo

Compreender o conceito de dendrograma baseado em semelhanças de sequências e a sua relação com os processos de evolução biológica

Apresentação e discussão do trabalho efetuado.