Sumários
Da sequência às propriedades da proteína: Expasy, Prosite & UniProt
1 Março 2017, 15:00 • Margarida Henriques da Gama Carvalho
Continuação do caso de estudo: previsão bioinformática do impacto de uma variante nucleotídica na sequência da proteína, previsão de função e identificação de domínios essenciais. O portal Expasy e ferramentas associadas. “Translate”: algoritmo de previsão de ORFs. Regras de representação de sequências nucleotídicas nas bases de dados e justificação da necessidade da previsão de ORFs em seis quadros de leitura. Identificação de ORFs prováveis. “ProtParam” – previsão de características físico-químicas. “Psort” – previsão de localização sub-celular. “ScanProsite” – pesquisa de domínios proteicos e “assinaturas”. “Prosite” – uma base de dados de anotação de domínios e motivos proteicos. “UniProt” – base de dados de sequências anotadas de proteínas. Métodos de pesquisa e visualização de resultados no UniProt: pesquisa por palavra chave, restriçãoo de resultados, visualização taxonómica, recuperação de sequências, alinhamentos múltiplos e árvores filogenéticas.
NCBI Map Viewer
24 Fevereiro 2017, 15:00 • António Eduardo do Nascimento Ferreira
Ficha de problemas TP1: NCBI Map Viewer e Gene Bank. Pesquisa por termos chave, localização de genes, interpretação de anotações, mapas de transcrição e tradução. Pesquisas no genoma da levedura e no genoma humano.
Bases de dados e ferramentas de pesquisa II (pesquisa por alinhamento de sequências)
23 Fevereiro 2017, 17:00 • Margarida Henriques da Gama Carvalho
Caso de estudo: utilização de abordagens bioinformáticas simples para caracterização de uma variante genética de relevância clínica. Métodos de obtenção de dados biológicos: sequenciação de péptidos por degradação de Edman, PCR e sequenciação de Sanger para ácidos nucleicos. Pesquisa de sequências semelhantes em bases de dados usando algoritmos de alinhamento: estratégias e quantificação de graus de semelhança. Utilização do NCBI-BLAST: tipos de pesquisa, formulários de submissão, parâmetros ajustáveis e interpretação de resultados. Algoritmo tblastn: pesquisa de uma sequência proteica numa base de dados de núcleotidos traduzida. Quantificação de semelhança num alinhamento de proteínas com recurso a matrizes de substituição. Raw score, Bit Score e E-value. Informações acessíveis a partir de um resultado Blast – RefSeqGene, GeneID, sequências de transcritos em formato GenBank flat e FASTA. Alinhamento de duas sequências: “bl2seq specialized BLAST” e o método da matrix de pontos. Exemplo das limitações dos algoritmos de alinhamento.
NCBI Map Viewer
23 Fevereiro 2017, 15:00 • António Eduardo do Nascimento Ferreira
Ficha de problemas TP1: NCBI Map Viewer e Gene Bank. Pesquisa por termos chave, localização de genes, interpretação de anotações, mapas de transcrição e tradução. Pesquisas no genoma da levedura e no genoma humano.
NCBI Map Viewer
23 Fevereiro 2017, 11:00 • António Eduardo do Nascimento Ferreira
Ficha de problemas TP1: NCBI Map Viewer e Gene Bank. Pesquisa por termos chave, localização de genes, interpretação de anotações, mapas de transcrição e tradução. Pesquisas no genoma da levedura e no genoma humano.