Sumários
Bases de dados e ferramentas de pesquisa I
22 Fevereiro 2017, 15:00 • Margarida Henriques da Gama Carvalho
Origem da informação disponível nas bases de dados. Necessidade de anotações e ferramentas para gerar conhecimento a partir da informação. Formas e tipos de anotação. Anotação automática de ORFs (Open Reading Frames); proteínas hipotéticas. Tipos de ferramentas. A diferença entre base de dados, interface e algoritmos de pesquisa/análise. Necessidade de formatos de dados standardizados (FASTA, flat). Organização das bases de dados – o modelo DAS. Principais repositórios de informação biológica – NCBI, EMBL/EBI e DDBJ (International Nucleotide Sequence Database Collaboration). Outras instituições/repositórios de referência – UCSC Genome Browser; Sanger Center UK/Vega Genome Browser; Flybase; Swiss Institute of Bioinformatics/Expasy. Navegando no NCBI GenBank. Organização dos dados, interfaces – MapViewer, Gene. Interpretação da visualização gráfica de mapas genómicos e sequências de génicas.
Apresentação e verificação de software
17 Fevereiro 2017, 15:00 • António Eduardo do Nascimento Ferreira
Verificação do software a utilizar nas aulas. Verificação de inscritos por turno. Indicações sobre a utilização dos laboratórios em que as aulas decorrem.
Introdução à Bioinformática
16 Fevereiro 2017, 17:00 • Margarida Henriques da Gama Carvalho
Origens da Bioinformática. A Bioinformática como área da Biologia Molecular que utiliza ferramentas informáticas para armazenar, aceder e analisar informação sobre moléculas biológicas e suas interacções. A Biologia Molecular como disciplina que estuda o problema da informação biológica. O fluxo da informação biológica nos eucariotas. Revisão de conceitos básicos: gene/genoma; sequências génicas não codificantes (intrões) e codificantes (exões); transcrito/transcritoma; mRNA e proteína; código genético; estrutura e modificações proteicas; interacções proteicas e vias de sinalização. O desenvolvimento da Bioinformática como resposta a necessidades básicas da Biologia Molecular que surgem na sequência da descoberta e optimização de técnicas de caracterização das macromoléculas biológicas e suas interacções: métodos de Sanger: sequenciação proteínas e DNA; espectrometria de massa; cristalografia e NMR; interacções proteicas e vias de sinalização. O desenvolvimento exponencial das tecnologias de sequenciação de DNA. O Projecto do Genoma Humano e o projecto da Celera Genomics: desenvolvimento da sequenciação automática em paralelo e capacidade de computação. HapMap – mapa da diversidade genética humana. Transcritómica: os microarrays de DNA como ferramenta para a quantificação simultânea da abundância de todos os transcritos conhecidos. Sequenciação de nova geração e o genoma de $1000. O crescimento exponencial da informação sobre moléculas biológicas no séc. XXI. As bases de dados biológicas como repositórios maioritariamente públicos que respondem à necessidade de gestão/disponibilização e acesso a esta informação.
Apresentação e verificação de software
16 Fevereiro 2017, 15:00 • António Eduardo do Nascimento Ferreira
Verificação do software a utilizar nas aulas. Verificação de inscritos por turno. Indicações sobre a utilização dos laboratórios em que as aulas decorrem.
Apresentação e verificação de software
16 Fevereiro 2017, 11:00 • António Eduardo do Nascimento Ferreira
Verificação de software e confirmação de inscritos por turno TP. Breve apresentação sobre a utilização dos laboratórios em que decorrem as aulas.