Sumários
Das sequências e estruturas às interacções funcionais
8 Março 2017, 15:00 • Margarida Henriques da Gama Carvalho
Relevância da determinação da rede de interacções proteicas e métodos experimentais associados: métodos genéticos (Yeast two-hybrid) e bioquímicos (co-purificação). Conjugação da espectrometria de massa com as bases de dados de sequências para a identificação sistemática de proteínas: peptide mass fingerprinting e ferramenta Peptide Mass. Intact: base de dados de interacções de proteínas. Pesquisa e exploração gráfica de resultados. Limitações associadas aos algoritmos de expansão de dados de interacção. Genómica funcional e perfis comparativos de proteoma e transcritoma: métodos experimentais e bases de dados. PRIDE: repositório de dados de proteómica e suas ferramentas de pesquisa. Array Express e Expression Atlas – bases de dados de transcritómica centradas na experiência ou no gene. Necessidade de regras de normalização das anotações de dados experimentais: exemplo do protocolo MIAME. Integração da informação em vias (Pathways) – Reactome.
UniProt e ferramentas do ExPaSy
3 Março 2017, 15:00 • António Eduardo do Nascimento Ferreira
Ficha de problemas TP2: UniProt e ferramentas do ExPasy. Buscas na UniProt e interpretação dos resultados. Ferramenta BLAST, alinhamentos, pontuação e E-value. Alinhamentos múltiplos. Ferramentas PortParam, ScanProsite e PeptideMass.
Proteínas: análise de domínios conservados e estrutura proteica
2 Março 2017, 17:00 • Margarida Henriques da Gama Carvalho
Identificação de domínios estruturais e funcionais das proteínas: relevância prática. PFAM – Protein Family Database: anotação sistemática de famílias proteicas baseada em alinhamentos múltiplos. Clustal Omega: ferramenta de alinhamento múltiplo de sequências e identificação de semelhanças, conservação, evolução e consensos. Protein Data Bank: base de dados de estruturas proteicas. Métodos experimentais de obtenção de modelos estruturais (NMR e cristalografia de Raio-X) e limitação actual dos algoritmos de previsão teórica. Diferentes modelos de representação estrutural e sobreposição de códigos de cores. Pesquisa e visualização interactiva de estruturas de proteínas e interacção com ligandos no PDB. Integração de diferentes níveis de informação estrutural pelo NCBI. Jogos de computador comunitários como auxiliares da modelação de estruturas de macromoléculas – exemplo do foldit.
UniProt e ferramentas do ExPaSy
2 Março 2017, 15:00 • António Eduardo do Nascimento Ferreira
Ficha de problemas TP2: UniProt e ferramentas do ExPasy. Buscas na UniProt e interpretação dos resultados. Ferramenta BLAST, alinhamentos, pontuação e E-value. Alinhamentos múltiplos. Ferramentas PortParam, ScanProsite e PeptideMass.
UniProt eferramentas do ExPaSy
2 Março 2017, 11:00 • António Eduardo do Nascimento Ferreira
Ficha de problemas TP2: UniProt e ferramentas do ExPasy. Buscas na UniProt e interpretação dos resultados. Ferramenta BLAST, alinhamentos, pontuação e E-value. Alinhamentos múltiplos. Ferramentas PortParam, ScanProsite e PeptideMass.