Sumários
Programação: generalidades
16 Março 2023, 17:00 • António Eduardo do Nascimento Ferreira
Programação em Python: enquadramento na UC, linguagem e versão a usar, distribuição a instalar. Recursos de apoio. Exemplo de aplicação: contagem de anotações de diferentes tipos de PTM em todas as proteínas de um organismo
Da expressão génica à anotação funcional
15 Março 2023, 15:00 • Margarida Henriques da Gama Carvalho
Genómica funcional e perfis comparativos de proteoma e transcritoma: métodos experimentais e bases de dados. PRIDE: repositório de dados de proteómica e suas ferramentas de pesquisa. Array Express e Expression Atlas – bases de dados de transcritómica centradas na experiência ou no gene. Necessidade de regras de normalização das anotações de dados experimentais: exemplo do protocolo MIAME. Integração da informação em vias (Pathways) – Reactome.
O Gene Ontology Project: origens e objectivos. Definição de ontologia. Gene Ontology – características, hierarquização de termos, relações entre termos e códigos de evidência. Aplicação da Gene Ontology na comparação e previsão funcional: abordagem geral e aplicação concreta.