Das sequências às estruturas

8 Março 2023, 15:00 • Margarida Henriques da Gama Carvalho

Identificação de domínios estruturais e funcionais das proteínas: relevância prática. Protein Data Bank: base de dados de estruturas proteicas. Métodos experimentais de obtenção de modelos estruturais (NMR e cristalografia de Raio-X) e limitação atual dos algoritmos de previsão teórica. Diferentes modelos de representação estrutural e sobreposição de códigos de cores. Pesquisa e visualização interativa de estruturas de proteínas e interação com ligandos no PDB. Integração de diferentes níveis de informação estrutural pelo NCBI. Jogos de computador comunitários como auxiliares da modelação de estruturas de macromoléculas – exemplo do foldit. Inteligência Artificial na previsão de estruturas.

Exploração de recursos online relacionados com sequências de DNA e genes

3 Março 2023, 15:00 • Margarida Henriques da Gama Carvalho

Trabalho de grupo para resposta às questões definidas na aula 1. O receptor ACE2. Familiarização com as principais bases de dados bioinformáticos com acesso via Web: NCBI; Uniprot; EBI.

Capacidade de navegar no Genome Web Browser do NCBI para visualização de regiões genómicas específicas e recuperação de sequências.

Compreensão dos formatos organização de informações sobre genes, transcritos e proteínas no NCBI, respetivos identificadores e ficheiros GenBank, GenPep e Fasta.

Conhecimento de alguns identificadores básicos: GenBank/Ensembl/UniProt ID, Gene Name, Gene Symbol.

Capacidade de recuperar informação a partir de um nome ou identificador, ou de uma pesquisa por sequência.

Capacidade de interpretar os resultados de uma pesquisa BLAST.

Compreensão dos diferentes tipos e fontes de anotação.

Apresentação e discussão do trabalho efetuado.

Da sequência às propriedades da proteína: Expasy, Prosite& UniProt

2 Março 2023, 17:00 • Margarida Henriques da Gama Carvalho

Continuação do caso de estudo: previsão bioinformática do impacto de uma variante nucleotídica na sequência da proteína, previsão de função e identificação de domínios essenciais. 

O portal Expasy e ferramentas associadas. “Translate”: algoritmo de previsão de ORFs. Regras de representação de sequências nucleotídicas nas bases de dados e justificação da necessidade da previsão de ORFs em seis quadros de leitura. Identificação de ORFs prováveis. “ProtParam” – previsão de características físico-químicas. “Psort” – previsão de localização sub-celular. “ScanProsite” – pesquisa de domínios proteicos e “assinaturas”. “Prosite” – uma base de dados de anotação de domínios e motivos proteicos. “UniProt” – base de dados de sequências anotadas de proteínas. Métodos de pesquisa e visualização de resultados no UniProt: pesquisa por palavra chave, restriçãoo de resultados, visualização taxonómica, recuperação de sequências, alinhamentos múltiplos e árvores filogenéticas. 

Identificação de domínios estruturais e funcionais das proteínas: relevância prática. PFAM – Protein Family Database: anotação sistemática de famílias proteicas baseada em alinhamentos múltiplos. Clustal W/Clustal Omega: ferramenta de alinhamento múltiplo de sequências e identificação de semelhanças, conservação, evolução e consensos.

Exploração de recursos online relacionados com sequências de DNA e genes

2 Março 2023, 15:00 • Margarida Henriques da Gama Carvalho

Trabalho de grupo para resposta às questões definidas na aula 1. O receptor ACE2. Familiarização com as principais bases de dados bioinformáticos com acesso via Web: NCBI; Uniprot; EBI.

Capacidade de navegar no Genome Web Browser do NCBI para visualização de regiões genómicas específicas e recuperação de sequências.

Compreensão dos formatos organização de informações sobre genes, transcritos e proteínas no NCBI, respetivos identificadores e ficheiros GenBank, GenPep e Fasta.

Conhecimento de alguns identificadores básicos: GenBank/Ensembl/UniProt ID, Gene Name, Gene Symbol.

Capacidade de recuperar informação a partir de um nome ou identificador, ou de uma pesquisa por sequência.

Capacidade de interpretar os resultados de uma pesquisa BLAST.

Compreensão dos diferentes tipos e fontes de anotação.

Apresentação e discussão do trabalho efetuado.

Exploração de recursos online relacionados com sequências de DNA e genes

2 Março 2023, 13:00 • Margarida Henriques da Gama Carvalho

Trabalho de grupo para resposta às questões definidas na aula 1. O receptor ACE2. Familiarização com as principais bases de dados bioinformáticos com acesso via Web: NCBI; Uniprot; EBI.

Capacidade de navegar no Genome Web Browser do NCBI para visualização de regiões genómicas específicas e recuperação de sequências.

Compreensão dos formatos organização de informações sobre genes, transcritos e proteínas no NCBI, respetivos identificadores e ficheiros GenBank, GenPep e Fasta.

Conhecimento de alguns identificadores básicos: GenBank/Ensembl/UniProt ID, Gene Name, Gene Symbol.

Capacidade de recuperar informação a partir de um nome ou identificador, ou de uma pesquisa por sequência.

Capacidade de interpretar os resultados de uma pesquisa BLAST.

Compreensão dos diferentes tipos e fontes de anotação.

Apresentação e discussão do trabalho efetuado.