Exploração de recursos online relacionados com sequências de DNA e genes

2 Março 2023, 11:00 • Margarida Henriques da Gama Carvalho

Trabalho de grupo para resposta às questões definidas na aula 1. O receptor ACE2. Familiarização com as principais bases de dados bioinformáticos com acesso via Web: NCBI; Uniprot; EBI.

Capacidade de navegar no Genome Web Browser do NCBI para visualização de regiões genómicas específicas e recuperação de sequências.

Compreensão dos formatos organização de informações sobre genes, transcritos e proteínas no NCBI, respetivos identificadores e ficheiros GenBank, GenPep e Fasta.

Conhecimento de alguns identificadores básicos: GenBank/Ensembl/UniProt ID, Gene Name, Gene Symbol.

Capacidade de recuperar informação a partir de um nome ou identificador, ou de uma pesquisa por sequência.

Capacidade de interpretar os resultados de uma pesquisa BLAST.

Compreensão dos diferentes tipos e fontes de anotação.

Apresentação e discussão do trabalho efetuado.

Bases de dados e ferramentas de pesquisa II

1 Março 2023, 15:00 • Margarida Henriques da Gama Carvalho

Caso de estudo: utilização de abordagens bioinformáticas simples para caracterização de uma variante genética de relevância clínica. Pesquisa de sequências semelhantes em bases de dados usando algoritmos de alinhamento: estratégias e quantificação de graus de semelhança. Utilização do NCBI-BLAST: tipos de pesquisa, formulários de submissão, parâmetros ajustáveis e interpretação de resultados. Quantificação de semelhança em alinhamentos nucleotídicos e de proteínas, com recurso a matrizes de substituição. Raw score, Bit Score e E-value. Alinhamento de duas sequências: “bl2seq specialized BLAST” e o método da matriz de pontos. Exemplo das limitações dos algoritmos de alinhamento no tratamento de sequências repetidas.

Introdução à Bioinformática na ótica do utilizador

24 Fevereiro 2023, 15:00 • Margarida Henriques da Gama Carvalho

Introdução ao problema: Interação do SARS-CoV-2 com o hospedeiro – compreensão dos mecanismos moleculares e desenvolvimento de soluções terapêuticas. Trabalho de grupo: Identificar questões que têm sobre a infeção; Identificar questões que podem ser resolvidas por abordagens bioinformáticas; Preparação de um slide para apresentação; Discussão e elaboração de um plano de trabalho para a turma.  Como trabalhar em bioinformática. Capacidade de aplicar os recursos disponíveis à resolução de problemas bioquímicos concretos.

Bases de dados e ferramentas de pesquisa I

23 Fevereiro 2023, 17:00 • Margarida Henriques da Gama Carvalho

Origem da informação disponível nas bases de dados. Necessidade de anotações e ferramentas para gerar conhecimento a partir da informação. Formas e tipos de anotação. Anotação automática de ORFs (Open Reading Frames); proteínas hipotéticas. Tipos de ferramentas. A diferença entre base de dados, interface e algoritmos de pesquisa/análise. Necessidade de formatos de dados standardizados (FASTA, flat). Organização das bases de dados. Principais repositórios de informação biológica – NCBI, EMBL/EBI e DDBJ (International Nucleotide Sequence Database Collaboration). Outras instituições/repositórios de referência – UCSC Genome Browser; Sanger Center UK/Vega Genome Browser; Flybase; Swiss Institute of Bioinformatics/Expasy. Visão geral da organização do GenBank - NCBI

Introdução à Bioinformática na ótica do utilizador

23 Fevereiro 2023, 15:00 • Margarida Henriques da Gama Carvalho

Introdução ao problema: Interação do SARS-CoV-2 com o hospedeiro – compreensão dos mecanismos moleculares e desenvolvimento de soluções terapêuticas. Trabalho de grupo: Identificar questões que têm sobre a infeção; Identificar questões que podem ser resolvidas por abordagens bioinformáticas; Preparação de um slide para apresentação; Discussão e elaboração de um plano de trabalho para a turma.  Como trabalhar em bioinformática. Capacidade de aplicar os recursos disponíveis à resolução de problemas bioquímicos concretos.