Sumários
Sobreposição estrutural e variabilidades estrutural e de sequência
19 Outubro 2016, 13:30 • António Eduardo do Nascimento Ferreira
Continuação do uso do software UCSF Chimera: remoção de partes de uma estrutura. Sobreposição estrutural de proteínas relacionadas (receptores de membrana). Comparação entre a variabilidade na sequência e a variabilidade estrutural. A classificação CATH da superfamília 7TM.
Redes neuronais e modelção por homologia
19 Outubro 2016, 12:00 • António Eduardo do Nascimento Ferreira
Previsão de características estruturais a partir de sequência por redes neuronais. Fundamento e exemplo de previsão de PTM (miristoílação). A modelação por homologia: objetivo e fundamento, fases fundamentais, medidas de qualidade dos modelos obtidos e limitações dos resultados. O servidor SwissModel.
Hidden Markov Models
14 Outubro 2016, 12:00 • António Eduardo do Nascimento Ferreira
Classificação de proteínas em famílias e deteção de domínios a partir da sequência. A motivação do desenvolvimento de classificadores com melhore desempenho que os padrões determinísticos. Os Hidden Markov Models: objetivos e construção a partir dos alinhamentos múltiplos. Mecanismo, Porbabilidades de geração de símbolos e transições. Aplicação à calssificação de sequências. Parametrização de um HMM
Sobreposição estrutural e variabilidades estrutural e de sequência
14 Outubro 2016, 10:30 • António Eduardo do Nascimento Ferreira
Continuação do uso do software UCSF Chimera: remoção de partes de uma estrutura. Sobreposição estrutural de proteínas relacionadas (receptores de membrana). Comparação entre a variabilidade na sequência e a variabilidade estrutural. A classificação CATH da superfamília 7TM.
Uso de software de visualização e análise estrutural de modelos do PDB
12 Outubro 2016, 13:30 • António Eduardo do Nascimento Ferreira
Uso do software UCSF Chimera com um modelo de um receptor opióide de membrana: Principais representações, Identificação dos principais domínios. Cruzamento com a informação contida no PDB.