Sumários
Classificação de proteínas a partir da sequência. Padrões determinísticos. Desempenho dos métodos.
12 Outubro 2016, 12:00 • António Eduardo do Nascimento Ferreira
Clssificação de proteínas em famílias e deteção de domínios a partir da sequência. Os alinhamentos múltiplos de sequências revistas como ponto de partida para a classifcação de sequências novas. Padrões determinísticos. O portal PROSITE. O desempenho de classificadores binários. A matriz de confusão, Sensibilidade, recall, especificidade e precisão. Problemas no desempenho de padrões determinísticos. As Position Specific Scoring Matrices. Os perfis probabilísticos no PROSITE.
Relações entre semelhança de sequência e semelhança estrutural e funcional
7 Outubro 2016, 12:00 • António Eduardo do Nascimento Ferreira
Generalidades sobre a classificação de proteínas em famílias: a interseção entre a classificação e a previsão funcional. Aspetos quantitativos sobre a determinação da estrutura e função a partir da sequência. Medidas quantitativas da semelhança de sequência e semelhança estrutural.
Uso de software de visualização e análise estrutural de modelos do PDB
7 Outubro 2016, 10:30 • António Eduardo do Nascimento Ferreira
Uso do software UCSF Chimera com um modelo de um receptor opióide de membrana: Principais representações, Identificação dos principais domínios. Cruzamento com a informação contida no PDB.
Classificações estruturais de proteínas
30 Setembro 2016, 12:00 • António Eduardo do Nascimento Ferreira
Generalidades sobre a calssificação de proteínas em famílias: as classificações estruturais (SCOP e CATH) e as classificações com base na sequência. SCOP: Hierarquia e principais classes. O crescimento do número de folds SCOP. CATH: hierarquia e principais classes.
Protein Data Bank e cristalografia de raios X
28 Setembro 2016, 12:00 • António Eduardo do Nascimento Ferreira
O Protein Data Bank como base de dados e portal de resultados estruturais. Ficheiros PDB e coordenadas atómicas. Fundamentos sobre a cristalografia de raios X de macromoléculas biológicas: lei da Bragg, cristalização de proteínas, difração e fatores e estrutura, fontes de raios X, densidades electrónicas e modelos estruturais. Validação de modelos estruturais.