Sumários

Aula T 24

11 Dezembro 2018, 15:30 • Carlos Alberto Rodrigues Fernandes

Genética da paisagem: contexto, definições, objectivos, método operacional. Padrões genéticos espaciais. Importância dos microsatélites em genética da paisagem.

Ferramentas para identificar padrões genéticos (e.g. teste de Mantel, autocorrelação espacial, métodos Bayesianos de agrupamento, Wombling, algoritmo de Monmonier).

Correlacionar padrões genéticos com factores ambientais e da paisagem. Testes parciais de Mantel. Importância dos SIGs.

Transição de uma genética da paisagem descritiva para uma genética da paisagem que testa hipóteses explícitas fundamentadas em ecologia da paisagem.

GIS para definir hipóteses alternativas de resistência da paisagem em que diferentes variáveis ou factores da paisagem e ambientais são parameterizados com importâncias relativas diferentes. Hipótese nula: IBD (isolation-by-distance). Hipótese de barreiras (IBB, isolation-by-barrier). Exemplo com urso negro (Cushman et al 2006).

Aplicação da teoria do circuito eléctrico para modelar a resistência da paisagem ao fluxo genético (Circuitscape), uma abordagem mais robusta que a solução "óptima" única least-cost-path.

Exemplos de estudos de conectividade entre áreas protegidas e de "Road Genetics".

Aula TP11-12

10 Dezembro 2018, 08:00 • Carlos Alberto Rodrigues Fernandes

Softwares STRUCTURE e BOTTLENECK. Esclarecimento de dúvidas na preparação dos projectos.

Aula T 23

6 Dezembro 2018, 16:30 • Carlos Alberto Rodrigues Fernandes

Bottlenecks e métodos para detectar bottlenecks recentes usando dados de microsatélites.
Exemplo de filogeografia com um estudo global da diversidade genética da chita.
Métodos para estimar tempos de divergência entre populações: Dxy, Nei & Li Da, Gaggiotti & Excoffier Tau, Hey's IM model.

Aula TP12-11

5 Dezembro 2018, 08:00 • Carlos Alberto Rodrigues Fernandes

Softwares Genepop e NeEstimator. Esclarecimento de dúvidas na preparação dos projectos.

Aula T 22

4 Dezembro 2018, 15:30 • Carlos Alberto Rodrigues Fernandes

Filogeografia. Uso de NGS/GBS para resolver filogeografias recentes (pós-glaciares).
Inferências de história demográfica com base em resultados de diversidade nucleotídica e diversidade haplotípica para o DNA mitocondrial.
Mismatch distributions (distribuição do número observado de diferenças nucleotidicas entre pares de haplótipos de DNA mitocondrial) e inferência de história demográfica.
Genealogias em forma de estrela em redes de haplótipos de DNA mitocondrial versus genealogias que sugerem uma história demográfica estável.