Sumários
T 28 : Aula de revisões e dúvidas
16 Dezembro 2025, 15:30 • Patricia Beldade
Revisão da matéria dada. Esclarecimento de dúvidas sobre a matéria e sobre a avaliação.
T 27 : Apresentações dos trabalhos de grupo
15 Dezembro 2025, 14:00 • Patricia Beldade
Apresentação dos trabalhos de grupo consistindo na explicação duma utilização de marcadores genéticos disponíveis para consumidores, cobrindo as áreas da bio-medicina e medicina reprodutiva, genómica individual, conservação da natureza. As apresentações foram em várias sessões, correspondendo à combinação de aulas T e TPs.
T 26 : Uso de NGS no seguimento de tumores e infecções
9 Dezembro 2025, 15:30 • Patricia Beldade
Utilização de NGS de segunda geração (short-reads, tipicamente entre 150 e 350 bp). Exemplo da genómica de cancro em contexto hospitalar. O uso de short reads é adequado porque: 1) há um genoma de referência que, desde 2024, está completo (“telomere-to-telemore sequence” dos vários cromosomas), 2) geralmente estamos à procura de SNPs em genes previamente identificados que se sabe terem polimorfismos associados polimorfismos somáticos ou germinativos associados a cancros – só raramente se sequenciam os genomas tumorais completos. Sequenciação de tumores feita no hospital para identificação de eventuais mutações somáticas e/ou germinativas que possam guiar a terapia a seguir. Ca. 90% dos cancros devidos a mutações somáticas e 10% a mutações na linha germinal (ou seja, herdáveis). Exemplos de genes com mutações de linha germinal conhecidas e associadas a cancros: BRAC1/2, MSH2/6, PALB2. Base de dados “gnome AD browser” permite ver frequências alélicas regionais para uma série de alelos conhecidos em humanos que estão associados a cancro ou outras condições – e.g., mutação de BRAC1 ligadas a cancro da mama com frequência muito elevada nos Judeus Ashkenazi, mutação de ADLH2 ligada a “Asian flush” com frequência muito elevada em populações Asiáticas. Exemplos de mutações somáticas frequentemente encontradas em tumores. Base de dados “OncoKB” com lista de genes associados a cancros. Exemplo dum relatório de sequenciação de genoma de tumores em contexto hospitalar: “gene variant assay”. Métrica VAF (Variant Allele Frequency) que se usa para caracterizar a % de células duma amostra que têm uma mutação de interesse. QC includi qualidade e profundidade de cobertura da sequenciação – a cobertura tem de ser muito. Genomas tumorais obtidos de diferentes tipos de amostras: cortes de material fixado em parafina (abordagem mais clássica), biópsias sólidas, biópsias liquidas (nova tendência). Para além de polimorfismos conhecidos em genes específicos, documenta também variants de significado desconhecido (Variants of Uncertain Significance, VUS) e marcadores de instabilidade genómica (microssatélite index, MSI).
Utilização de NGS de terceira geração (long-reads, podem ir até 2 Mb). Ao contrário da tecnologia Illumina que gera short-reads e tem uma taxa de erro de cerca de 0.1% (i.e. 1 erro em cada 1000 bp), a tecnologia Nanopore gera long-reads e tem uma taxa de erro que hoje em dia já está perto dos 2% (i.e. 2 erros em cada 100 bp). Apesar da taxa de erro relativamente elevada, a sequência gerada é o consenso dum elevadíssimo número de reads e isso permite descartar grande parte dos erros. Exemplo do MiniOn, sequenciador Nanopore portátil que produz até 50 Gb de sequências que podem ir sendo seguidas directamente num computador. Este tipo de aparelho pode ser usado em vários projectos NGS. Exemplo 1: Xylella fastidiosa: bactérias patogénica em plantas. Sequenciação do genoma para detecção de espécies – revelou-se mais rápido que o teste diagnóstico com PCR. Exemplo 2: Resistência de plasmódio a fármacos anti-malária. Exemplo dum estudo em Malango que pretendia descobrir se os variantes que infectavam crianças (e rapidamente evoluíam resistência a fármacos) eram diferentes dos que infectavam grávidas (e mais raramente evoluíam resistência a fármacos. Estratégia de sequenciação com “real-time adaptative sampling” em que poros cuja sequência é identificada como humana são parados, enriquecendo-se para sequência do plasmódio, cujo genoma é significativamente menor do que o humano. Sem a técnica de enriquecimento, obter-se-iam muitas mais reads de humano do que de plasmódio. Descorbriu-se que o plasmódio que infectava crianças e grávidas era o mesmo – a evolução de resistência num caso mas não no outro tinha a ver com diferenças na toma desse fármaco: nas crianças, onde o na sintomatologia efeito era mais imediato, havia tendência a parar-se o tratamento antes de este ficar completo, levando à evolução de resistência.
Aula lecionada pelo convidado, especialista em NGS, Doutor Ricardo Leite, coordenador da Unidade de Genómica do Hospital Garcia da Horta.