Sumários
Introdução à Bioinformática
28 Fevereiro 2025, 08:30 • Margarida Henriques da Gama Carvalho
Apresentação do caso. Relevância, origem e organização de bases de dados genómicos.
Capacidade de navegar no Genome Web Browser do NCBI para visualização de regiões genómicas específicas e recuperação de sequências.
Introdução à Bioinformática
27 Fevereiro 2025, 16:00 • Margarida Henriques da Gama Carvalho
Apresentação do caso. Relevância, origem e organização de bases de dados genómicos.
Capacidade de navegar no Genome Web Browser do NCBI para visualização de regiões genómicas específicas e recuperação de sequências.
Bases de dados e ferramentas de pesquisa II
27 Fevereiro 2025, 15:00 • Margarida Henriques da Gama Carvalho
Caso de estudo: utilização de abordagens bioinformáticas simples para caracterização de uma variante genética de relevância clínica. Pesquisa de sequências semelhantes em bases de dados usando algoritmos de alinhamento: estratégias e quantificação de graus de semelhança. Utilização do NCBI-BLAST: tipos de pesquisa, formulários de submissão, parâmetros ajustáveis e interpretação de resultados. Quantificação de semelhança em alinhamentos nucleotídicos e de proteínas, com recurso a matrizes de substituição. Raw score, Bit Score e E-value. Alinhamento de duas sequências: “bl2seq specialized BLAST” e o método da matriz de pontos. Exemplo das limitações dos algoritmos de alinhamento no tratamento de sequências repetidas.
Bases de dados e ferramentas de pesquisa I
26 Fevereiro 2025, 15:00 • Margarida Henriques da Gama Carvalho
Anotação automática de ORFs (Open Reading Frames); proteínas hipotéticas. Tipos de ferramentas. A diferença entre base de dados, interface e algoritmos de pesquisa/análise. Necessidade de formatos de dados standardizados (FASTA, flat). Organização das bases de dados. Principais repositórios de informação biológica – NCBI, EMBL/EBI e DDBJ (International Nucleotide Sequence Database Collaboration). Outras instituições/repositórios de referência – UCSC Genome Browser; Sanger Center UK/Vega Genome Browser; Flybase; Swiss Institute of Bioinformatics/Expasy. Visão geral da organização do GenBank - NCBI
Apresentação
21 Fevereiro 2025, 08:30 • Margarida Henriques da Gama Carvalho
Apresentação do programa das TPs – aprendizagem baseada em problemas. Validação da distribuição de turmas e acesso aos recursos computacionais