Sumários
Da expressão génica à anotação funcional
19 Março 2025, 15:00 • Margarida Henriques da Gama Carvalho
Genómica funcional e perfis comparativos de proteoma e transcritoma: métodos experimentais e bases de dados. PRIDE: repositório de dados de proteómica e suas ferramentas de pesquisa. Array Express e Expression Atlas – bases de dados de transcritómica centradas na experiência ou no gene. Necessidade de regras de normalização das anotações de dados experimentais: exemplo do protocolo MIAME. Integração da informação em vias (Pathways) – Reactome.
O Gene Ontology Project: origens e objectivos. Definição de ontologia. Gene Ontology – características, hierarquização de termos, relações entre termos e códigos de evidência. Aplicação da Gene Ontology na comparação e previsão funcional: abordagem geral e aplicação concreta.
Da mutação à função proteica e terapêutica
14 Março 2025, 08:30 • Margarida Henriques da Gama Carvalho
Conhecer um conjunto de ferramentas e bases de dados que permitem fazer previsões sobre estrutura e função de proteínas (Uniprot e Prosite; Translate, ProtParam, PSort, Scan Prosite e Clustal W)
Compreender as ferramentas de tradução de ácidos nucleicos, identificando os diferentes quadros de leitura e o “Open Reading Frame” (ORF) principal
Conhecer a base de dados Uniprot, as anotações que contém e ferramentas de pesquisa incorporadas, descarregar ficheiros multi-fasta e utilizar e interpretar o resultado de algoritmos de alinhamento múltiplo
Compreender o conceito de dendrograma baseado em semelhanças de sequências e a sua relação com os processos de evolução biológica
Da mutação à função proteica e terapêutica
13 Março 2025, 16:00 • Margarida Henriques da Gama Carvalho
Conhecer um conjunto de ferramentas e bases de dados que permitem fazer previsões sobre estrutura e função de proteínas (Uniprot e Prosite; Translate, ProtParam, PSort, Scan Prosite e Clustal W)
Compreender as ferramentas de tradução de ácidos nucleicos, identificando os diferentes quadros de leitura e o “Open Reading Frame” (ORF) principal
Conhecer a base de dados Uniprot, as anotações que contém e ferramentas de pesquisa incorporadas, descarregar ficheiros multi-fasta e utilizar e interpretar o resultado de algoritmos de alinhamento múltiplo
Compreender o conceito de dendrograma baseado em semelhanças de sequências e a sua relação com os processos de evolução biológica
Das estruturas às interacções proteína-proteína
13 Março 2025, 15:00 • Margarida Henriques da Gama Carvalho
Bases de dados de interações proteicas e métodos experimentais associados: métodos genéticos (Yeast two-hybrid) e bioquímicos (co-purificação). Conjugação da espectrometria de massa com as bases de dados de sequências para a identificação sistemática de proteínas: peptide mass fingerprinting e ferramenta Peptide Mass. Intact: base de dados de interações de proteínas. Pesquisa e exploração gráfica de resultados. Limitações associadas aos algoritmos de expansão de dados de interação
Das sequências às estruturas
12 Março 2025, 15:00 • Margarida Henriques da Gama Carvalho
Identificação de domínios estruturais e funcionais das proteínas: relevância prática. Protein Data Bank: base de dados de estruturas proteicas. Métodos experimentais de obtenção de modelos estruturais (NMR e cristalografia de Raio-X) e limitação atual dos algoritmos de previsão teórica. Diferentes modelos de representação estrutural e sobreposição de códigos de cores. Pesquisa e visualização interativa de estruturas de proteínas e interação com ligandos no PDB. Integração de diferentes níveis de informação estrutural pelo NCBI. Jogos de computador comunitários como auxiliares da modelação de estruturas de macromoléculas – exemplo do foldit. Inteligência Artificial na previsão de estruturas.