Sumários
Da sequência à mutação: BLAST
7 Março 2025, 08:30 • Margarida Henriques da Gama Carvalho
Capacidade de interpretar os resultados de uma pesquisa BLAST.
Compreensão dos formatos organização de informações sobre genes, transcritos e proteínas no NCBI, respetivos identificadores e ficheiros GenBank, GenPep e Fasta.
Conhecimento de alguns identificadores básicos: GenBank/Ensembl/UniProt ID, Gene Name, Gene Symbol.
Capacidade de recuperar informação a partir de um nome ou identificador, ou de uma pesquisa por sequência.
Compreensão dos diferentes tipos e fontes de anotação.
Da sequência à mutação: BLAST
6 Março 2025, 16:00 • Margarida Henriques da Gama Carvalho
Capacidade de interpretar os resultados de uma pesquisa BLAST.
Compreensão dos formatos organização de informações sobre genes, transcritos e proteínas no NCBI, respetivos identificadores e ficheiros GenBank, GenPep e Fasta.
Conhecimento de alguns identificadores básicos: GenBank/Ensembl/UniProt ID, Gene Name, Gene Symbol.
Capacidade de recuperar informação a partir de um nome ou identificador, ou de uma pesquisa por sequência.
Compreensão dos diferentes tipos e fontes de anotação.
Da sequência às propriedades da proteína: Expasy, Prosite& UniProt
6 Março 2025, 15:00 • Margarida Henriques da Gama Carvalho
Continuação do caso de estudo: previsão bioinformática do impacto de uma variante nucleotídica na sequência da proteína, previsão de função e identificação de domínios essenciais.
O portal Expasy e ferramentas associadas. “Translate”: algoritmo de previsão de ORFs. Regras de representação de sequências nucleotídicas nas bases de dados e justificação da necessidade da previsão de ORFs em seis quadros de leitura. Identificação de ORFs prováveis. “ProtParam” – previsão de características físico-químicas. “Psort” – previsão de localização sub-celular. “ScanProsite” – pesquisa de domínios proteicos e “assinaturas”. “Prosite” – uma base de dados de anotação de domínios e motivos proteicos. “UniProt” – base de dados de sequências anotadas de proteínas. Métodos de pesquisa e visualização de resultados no UniProt: pesquisa por palavra chave, restriçãoo de resultados, visualização taxonómica, recuperação de sequências, alinhamentos múltiplos e árvores filogenéticas.
Identificação de domínios estruturais e funcionais das proteínas: relevância prática. PFAM – Protein Family Database: anotação sistemática de famílias proteicas baseada em alinhamentos múltiplos. Clustal W/Clustal Omega: ferramenta de alinhamento múltiplo de sequências e identificação de semelhanças, conservação, evolução e consensos.
Introdução à Bioinformática
28 Fevereiro 2025, 08:30 • Margarida Henriques da Gama Carvalho
Apresentação do caso. Relevância, origem e organização de bases de dados genómicos.
Capacidade de navegar no Genome Web Browser do NCBI para visualização de regiões genómicas específicas e recuperação de sequências.
Introdução à Bioinformática
27 Fevereiro 2025, 16:00 • Margarida Henriques da Gama Carvalho
Apresentação do caso. Relevância, origem e organização de bases de dados genómicos.
Capacidade de navegar no Genome Web Browser do NCBI para visualização de regiões genómicas específicas e recuperação de sequências.